# 取一小部分优化前后的结构进行训练 files_ini = spdkit.io.find_files("POSCAR", ".") # 按文件名排序, 保证 POSCAR, CONTCAR 对应同一体系 files_ini.sort() files_opt = spdkit.io.find_files("CONTCAR", ".") files_opt.sort() # 取前50个结构, 提取中心原子对应的微结构 submols = create_submols_for_files(files_ini[0:50], files_opt) # 取一个初始结构, 进行结构拼凑 mol_ini = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/POSCAR") mol_opt = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/CONTCAR") mol_refined, chemenv = refine(mol_ini, submols) # 使用 ASE 来完成晶胞及原子结构的进一步优化 mol = mol_ini.clone() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol) calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv) p1.set_calculator(calc_elastic) box = Mushybox(p1) # dyn = FIRE(p1, maxstep=0.1) dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) dyn.run(fmax=0.001, steps=100)

时间: 2024-03-08 13:45:26 浏览: 24
这段代码的作用是取50个优化前的结构和对应的优化后的结构,提取中心原子对应的微结构,并使用其中一个初始结构进行结构拼凑。然后,使用ASE进行晶胞及原子结构的进一步优化,包括弹性力学计算。 具体来说,代码的执行过程如下: 1. 使用`spdkit.io.find_files()`函数找到当前目录下所有以“POSCAR”和“CONTCAR”结尾的文件,将其按文件名排序,并取前50个文件。 2. 使用`create_submols_for_files()`函数从优化前后的50个结构中提取中心原子对应的微结构。 3. 从“Fe32C9/60_1/POSCAR”和“Fe32C9/60_1/CONTCAR”文件中读取一个初始结构,并使用`refine()`函数进行结构拼凑和环境参数计算。 4. 将初始结构转换为ASE的原子对象,并使用`ElasticModel()`函数计算弹性力学参数。 5. 将原子对象包含在`Mushybox`对象中,使用`FIRE`算法进行晶胞优化,最终得到优化后的结构。 需要注意的是,这段代码中的`Mushybox`对象是一个自定义的类,它将原子对象包含在一个无限大的晶胞中,并提供了一些方便的方法进行晶胞操作。
相关问题

更改上述代码,只利用ASE进行结构优化,不进行结构拼凑# 取一小部分优化前后的结构进行训练 files_ini = spdkit.io.find_files("POSCAR", ".") # 按文件名排序, 保证 POSCAR, CONTCAR 对应同一体系 files_ini.sort() files_opt = spdkit.io.find_files("CONTCAR", ".") files_opt.sort() # 取前50个结构, 提取中心原子对应的微结构 submols = create_submols_for_files(files_ini[0:50], files_opt) # 取一个初始结构, 进行结构拼凑 mol_ini = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/POSCAR") mol_opt = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/CONTCAR") mol_refined, chemenv = refine(mol_ini, submols) # 使用 ASE 来完成晶胞及原子结构的进一步优化 mol = mol_ini.clone() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol) calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv) p1.set_calculator(calc_elastic) box = Mushybox(p1) # dyn = FIRE(p1, maxstep=0.1) dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) dyn.run(fmax=0.001, steps=100)。

好的,如果只需要使用ASE进行晶胞优化,可以将代码中的结构拼凑和微结构训练部分去掉,只保留ASE的优化部分。修改后的代码如下: ```python from ase.io import read, write from ase.optimize import BFGS # 读取初始结构文件 atoms = read('POSCAR') # 定义优化器 opt = BFGS(atoms) # 进行晶胞优化 opt.run(fmax=0.01) # 将优化后的结构写回到POSCAR文件中 write('POSCAR_optimized', atoms, format='vasp') ``` 这段代码的修改很简单,只需要将结构拼凑和微结构训练部分去掉,然后使用ASE的BFGS优化器进行晶胞优化即可。

修改下列代码的错误pns_folder = os.path.join(src_folder, "PNS Files") os.makedirs(pns_folder) bg_folder = os.path.join(src_folder, "BG Files") os.makedirs(bg_folder) # 初始化文件夹,用于计数移动了多少文件夹 PNS_files_count = 0 BG_files_count = 0 # 遍历目标文件夹中的文件夹和文件 for root, dirs, files in os.walk(src_folder): for dir in dirs: if PNS_keyword in dir: os.makedirs(os.path.join(pns_folder, dir)) elif BG_keyword in dir: os.makedirs(os.path.join(bg_folder, dir)) for filename in files: file_path = os.path.join(root, filename) if os.path.isfile(file_path): if PNS_keyword in filename: folder_path = os.path.join(pns_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path))) os.makedirs(folder_path, exist_ok=True) os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename)) PNS_files_count += 1 elif BG_keyword in filename: folder_path = os.path.join(bg_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path))) os.makedirs(folder_path, exist_ok=True) os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename)) BG_files_count += 1 # 计算移动了多少文件夹 a1 = PNS_files_count / 2 b1 = BG_files_count / 2

这段代码的错误在于缺少了PNS_keyword和BG_keyword的定义,需要在代码中进行定义。同时,还需要判断目标文件夹中是否已经存在PNS Files和BG Files文件夹,如果已经存在,则不再创建。 修改后的代码如下: ``` import os PNS_keyword = "PNS" # 定义PNS关键字 BG_keyword = "BG" # 定义BG关键字 pns_folder = os.path.join(src_folder, "PNS Files") if not os.path.exists(pns_folder): os.makedirs(pns_folder) bg_folder = os.path.join(src_folder, "BG Files") if not os.path.exists(bg_folder): os.makedirs(bg_folder) # 初始化文件夹,用于计数移动了多少文件夹 PNS_files_count = 0 BG_files_count = 0 # 遍历目标文件夹中的文件夹和文件 for root, dirs, files in os.walk(src_folder): for dir in dirs: if PNS_keyword in dir: pns_sub_folder = os.path.join(pns_folder, dir) if not os.path.exists(pns_sub_folder): os.makedirs(pns_sub_folder) elif BG_keyword in dir: bg_sub_folder = os.path.join(bg_folder, dir) if not os.path.exists(bg_sub_folder): os.makedirs(bg_sub_folder) for filename in files: file_path = os.path.join(root, filename) if os.path.isfile(file_path): if PNS_keyword in filename: folder_path = os.path.join(pns_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path))) os.makedirs(folder_path, exist_ok=True) os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename)) PNS_files_count += 1 elif BG_keyword in filename: folder_path = os.path.join(bg_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path))) os.makedirs(folder_path, exist_ok=True) os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename)) BG_files_count += 1 # 计算移动了多少文件夹 a1 = PNS_files_count / 2 b1 = BG_files_count / 2 ``` 这个修改后的代码在前面加入了PNS_keyword和BG_keyword的定义,并且在创建PNS Files和BG Files文件夹之前,判断它们是否已经存在,如果已经存在,则不再创建。

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import scipy.io import mne from mne.bem import make_watershed_bem # Load .mat files inner_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.inner_skull.mat') outer_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.outer_skull.mat') scalp = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.scalp.mat') print(inner_skull.keys()) # Assuming these .mat files contain triangulated surfaces, we will extract vertices and triangles # This might need adjustment based on the actual structure of your .mat files inner_skull_vertices = inner_skull['Vertices'] inner_skull_triangles = inner_skull['Faces'] outer_skull_vertices = outer_skull['Vertices'] outer_skull_triangles = outer_skull['Faces'] scalp_vertices = scalp['Vertices'] scalp_triangles = scalp['Faces'] # Prepare surfaces for MNE surfs = [ mne.bem.BEMSurface(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, sigma=0.01, id=4), # brain mne.bem.BEMSurface(outer_skull_vertices, outer_skull_triangles, sigma=0.016, id=3), # skull mne.bem.BEMSurface(scalp_vertices, scalp_triangles, sigma=0.33, id=5), # skin ] # Create BEM model model = mne.bem.BEM(surfs, conductivity=[0.3, 0.006, 0.3], is_sphere=False) model.plot(show=False) # Create BEM solution solution = mne.make_bem_solution(model) 运行代码时报错; Traceback (most recent call last): File "E:\pythonProject\MEG\头模型.py", line 24, in <module> mne.bem.BEMSurface(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, sigma=0.01, id=4), # brain AttributeError: module 'mne.bem' has no attribute 'BEMSurface'

优化代码import numpy as np from PIL import Image from sklearn import svm from sklearn.model_selection import train_test_split import os import matplotlib.pyplot as plt # 定义图像文件夹路径和类别 cat_path = "cats/" dog_path = "dogs/" cat_label = 0 dog_label = 1 # 定义图像预处理函数 def preprocess_image(file_path): # 读取图像并转换为灰度图像 img = Image.open(file_path).convert('L') # 调整图像尺寸 img = img.resize((100, 100)) # 将图像转换为 Numpy 数组 img_array = np.array(img) # 将二维数组展平为一维数组 img_array = img_array.reshape(-1) return img_array # 读取猫和狗的图像并转换成 Numpy 数组 X = [] y = [] for file_name in os.listdir(cat_path): file_path = os.path.join(cat_path, file_name) img_array = preprocess_image(file_path) X.append(img_array) y.append(cat_label) for file_name in os.listdir(dog_path): file_path = os.path.join(dog_path, file_name) img_array = preprocess_image(file_path) X.append(img_array) y.append(dog_label) X = np.array(X) y = np.array(y) # 将数据集划分为训练集和测试集 X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3) # 训练 SVM 分类器 clf = svm.SVC(kernel='linear') clf.fit(X_train, y_train) # 在测试集上进行预测 y_pred = clf.predict(X_test) # 计算测试集上的准确率 accuracy = np.mean(y_pred == y_test) print("Accuracy:", accuracy) # 显示测试集中的前 16 张图像和它们的预测结果 fig, axes = plt.subplots(nrows=4, ncols=4, figsize=(8, 8)) for i, ax in enumerate(axes.flat): # 显示图像 ax.imshow(X_test[i].reshape(100, 100), cmap='gray') # 显示预测结果和标签 if y_pred[i] == 0: ax.set_xlabel("Cat") else: ax.set_xlabel("Dog") ax.set_xticks([]) ax.set_yticks([]) plt.show()

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