# 取一小部分优化前后的结构进行训练 files_ini = spdkit.io.find_files("POSCAR", ".") # 按文件名排序, 保证 POSCAR, CONTCAR 对应同一体系 files_ini.sort() files_opt = spdkit.io.find_files("CONTCAR", ".") files_opt.sort() # 取前50个结构, 提取中心原子对应的微结构 submols = create_submols_for_files(files_ini[0:50], files_opt) # 取一个初始结构, 进行结构拼凑 mol_ini = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/POSCAR") mol_opt = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/CONTCAR") mol_refined, chemenv = refine(mol_ini, submols) # 使用 ASE 来完成晶胞及原子结构的进一步优化 mol = mol_ini.clone() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol) calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv) p1.set_calculator(calc_elastic) box = Mushybox(p1) # dyn = FIRE(p1, maxstep=0.1) dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) dyn.run(fmax=0.001, steps=100)
时间: 2024-03-08 13:45:26 浏览: 24
这段代码的作用是取50个优化前的结构和对应的优化后的结构,提取中心原子对应的微结构,并使用其中一个初始结构进行结构拼凑。然后,使用ASE进行晶胞及原子结构的进一步优化,包括弹性力学计算。
具体来说,代码的执行过程如下:
1. 使用`spdkit.io.find_files()`函数找到当前目录下所有以“POSCAR”和“CONTCAR”结尾的文件,将其按文件名排序,并取前50个文件。
2. 使用`create_submols_for_files()`函数从优化前后的50个结构中提取中心原子对应的微结构。
3. 从“Fe32C9/60_1/POSCAR”和“Fe32C9/60_1/CONTCAR”文件中读取一个初始结构,并使用`refine()`函数进行结构拼凑和环境参数计算。
4. 将初始结构转换为ASE的原子对象,并使用`ElasticModel()`函数计算弹性力学参数。
5. 将原子对象包含在`Mushybox`对象中,使用`FIRE`算法进行晶胞优化,最终得到优化后的结构。
需要注意的是,这段代码中的`Mushybox`对象是一个自定义的类,它将原子对象包含在一个无限大的晶胞中,并提供了一些方便的方法进行晶胞操作。
相关问题
更改上述代码,只利用ASE进行结构优化,不进行结构拼凑# 取一小部分优化前后的结构进行训练 files_ini = spdkit.io.find_files("POSCAR", ".") # 按文件名排序, 保证 POSCAR, CONTCAR 对应同一体系 files_ini.sort() files_opt = spdkit.io.find_files("CONTCAR", ".") files_opt.sort() # 取前50个结构, 提取中心原子对应的微结构 submols = create_submols_for_files(files_ini[0:50], files_opt) # 取一个初始结构, 进行结构拼凑 mol_ini = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/POSCAR") mol_opt = Molecule.from_file("Fe32C9/60_1/CONTCAR") mol_refined, chemenv = refine(mol_ini, submols) # 使用 ASE 来完成晶胞及原子结构的进一步优化 mol = mol_ini.clone() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol) calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv) p1.set_calculator(calc_elastic) box = Mushybox(p1) # dyn = FIRE(p1, maxstep=0.1) dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) dyn.run(fmax=0.001, steps=100)。
好的,如果只需要使用ASE进行晶胞优化,可以将代码中的结构拼凑和微结构训练部分去掉,只保留ASE的优化部分。修改后的代码如下:
```python
from ase.io import read, write
from ase.optimize import BFGS
# 读取初始结构文件
atoms = read('POSCAR')
# 定义优化器
opt = BFGS(atoms)
# 进行晶胞优化
opt.run(fmax=0.01)
# 将优化后的结构写回到POSCAR文件中
write('POSCAR_optimized', atoms, format='vasp')
```
这段代码的修改很简单,只需要将结构拼凑和微结构训练部分去掉,然后使用ASE的BFGS优化器进行晶胞优化即可。
修改下列代码的错误pns_folder = os.path.join(src_folder, "PNS Files") os.makedirs(pns_folder) bg_folder = os.path.join(src_folder, "BG Files") os.makedirs(bg_folder) # 初始化文件夹,用于计数移动了多少文件夹 PNS_files_count = 0 BG_files_count = 0 # 遍历目标文件夹中的文件夹和文件 for root, dirs, files in os.walk(src_folder): for dir in dirs: if PNS_keyword in dir: os.makedirs(os.path.join(pns_folder, dir)) elif BG_keyword in dir: os.makedirs(os.path.join(bg_folder, dir)) for filename in files: file_path = os.path.join(root, filename) if os.path.isfile(file_path): if PNS_keyword in filename: folder_path = os.path.join(pns_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path))) os.makedirs(folder_path, exist_ok=True) os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename)) PNS_files_count += 1 elif BG_keyword in filename: folder_path = os.path.join(bg_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path))) os.makedirs(folder_path, exist_ok=True) os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename)) BG_files_count += 1 # 计算移动了多少文件夹 a1 = PNS_files_count / 2 b1 = BG_files_count / 2
这段代码的错误在于缺少了PNS_keyword和BG_keyword的定义,需要在代码中进行定义。同时,还需要判断目标文件夹中是否已经存在PNS Files和BG Files文件夹,如果已经存在,则不再创建。
修改后的代码如下:
```
import os
PNS_keyword = "PNS" # 定义PNS关键字
BG_keyword = "BG" # 定义BG关键字
pns_folder = os.path.join(src_folder, "PNS Files")
if not os.path.exists(pns_folder):
os.makedirs(pns_folder)
bg_folder = os.path.join(src_folder, "BG Files")
if not os.path.exists(bg_folder):
os.makedirs(bg_folder)
# 初始化文件夹,用于计数移动了多少文件夹
PNS_files_count = 0
BG_files_count = 0
# 遍历目标文件夹中的文件夹和文件
for root, dirs, files in os.walk(src_folder):
for dir in dirs:
if PNS_keyword in dir:
pns_sub_folder = os.path.join(pns_folder, dir)
if not os.path.exists(pns_sub_folder):
os.makedirs(pns_sub_folder)
elif BG_keyword in dir:
bg_sub_folder = os.path.join(bg_folder, dir)
if not os.path.exists(bg_sub_folder):
os.makedirs(bg_sub_folder)
for filename in files:
file_path = os.path.join(root, filename)
if os.path.isfile(file_path):
if PNS_keyword in filename:
folder_path = os.path.join(pns_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path)))
os.makedirs(folder_path, exist_ok=True)
os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename))
PNS_files_count += 1
elif BG_keyword in filename:
folder_path = os.path.join(bg_folder, os.path.basename(os.path.dirname(file_path)))
os.makedirs(folder_path, exist_ok=True)
os.rename(file_path, os.path.join(folder_path, filename))
BG_files_count += 1
# 计算移动了多少文件夹
a1 = PNS_files_count / 2
b1 = BG_files_count / 2
```
这个修改后的代码在前面加入了PNS_keyword和BG_keyword的定义,并且在创建PNS Files和BG Files文件夹之前,判断它们是否已经存在,如果已经存在,则不再创建。