agens层次聚类算法代码python
时间: 2023-09-11 18:01:53 浏览: 87
AGNES(Agglomerative Nesting)层次聚类算法是一种自底向上的聚类算法。它首先将每个样本点看作是一个初始的独立聚类,然后通过计算样本点之间的距离(例如欧式距离)来合并距离最近的聚类,直到满足某个终止条件为止。
下面是一个用Python实现AGNES层次聚类算法的代码示例:
```
import numpy as np
def compute_distance(point1, point2):
# 计算两个样本点之间的欧式距离
return np.sqrt(np.sum((point1 - point2)**2))
def agnes(data):
# 初始化每个样本点为一个聚类
clusters = [[point] for point in data]
while len(clusters) > 1:
# 计算每两个聚类之间的距离,并找到最小距离及对应的两个聚类索引
min_distance = float('inf')
min_index = (0, 0)
for i in range(len(clusters)):
for j in range(i+1, len(clusters)):
distance = compute_distance(clusters[i], clusters[j])
if distance < min_distance:
min_distance = distance
min_index = (i, j)
# 合并最近的两个聚类
cluster1, cluster2 = clusters[min_index[0]], clusters[min_index[1]]
merged_cluster = cluster1 + cluster2
clusters.remove(cluster1)
clusters.remove(cluster2)
clusters.append(merged_cluster)
return clusters[0]
# 测试代码
data = np.array([[1, 2], [3, 4], [5, 6]])
result = agnes(data)
print(result)
```
上述代码首先定义了计算两个样本点之间欧式距离的函数`compute_distance`。然后,`agnes`函数以传入的数据`data`初始化每个样本点为一个聚类。在循环中,它计算每两个聚类之间的距离,并找到最小距离及对应的两个聚类索引。然后,它合并最近的两个聚类,将合并后的聚类添加到聚类列表中,并移除原来的两个聚类。最后,返回合并后的聚类列表中的唯一聚类。
以上代码是一个简单的AGNES层次聚类算法的实现示例,可以根据实际需求进行修改和扩展。
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