①LiTS2017数据集的路径为E:\LiTS2017。保存路径为E:\2D-LiTS2017,帮我创建保存图像与标签的文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。 ②LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 ③请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D单通道的png格式标签。并将其裁剪为单个肝脏区域。同时,移除标签中无肝脏的图片以及肝脏在图片中面积占比小于2%的切片。

时间: 2024-02-20 13:59:12 浏览: 20
抱歉,作为AI语言模型,我无法直接访问您的本地电脑并执行文件操作。您需要在本地电脑上安装Python并使用相应的库(如SimpleITK、numpy、PIL等)来完成这些操作。以下是一些基本步骤供您参考: 1. 创建保存图像与标签的文件夹: ```python import os data_path = "E:/LiTS2017" save_path = "E:/2D-LiTS2017" if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(os.path.join(save_path, "images")) os.makedirs(os.path.join(save_path, "labels")) ``` 2. 加载图像和标签数据: ```python import SimpleITK as sitk import numpy as np def load_data(image_path, label_path): image = sitk.ReadImage(image_path) label = sitk.ReadImage(label_path) image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) label_array = sitk.GetArrayFromImage(label) return image_array, label_array image_path = os.path.join(data_path, "Training Batch 1", "volume-*.nii") label_path = os.path.join(data_path, "Training Batch 2", "segmentation-*.nii") image_files = sorted(glob.glob(image_path)) label_files = sorted(glob.glob(label_path)) data = [(image_files[i], label_files[i]) for i in range(len(image_files))] ``` 3. 将3D图像和标签变成2D、RGB三通道的png格式的图像和2D单通道的png格式标签: ```python from PIL import Image def save_images(image_array, label_array, save_path): for i in range(image_array.shape[0]): # 裁剪单个肝脏区域 if np.sum(label_array[i]) < 2: continue x, y, w, h = get_liver_roi(label_array[i]) image = image_array[i][x:x+w, y:y+h] label = label_array[i][x:x+w, y:y+h] # 移除肝脏面积占比小于2%的切片 if (np.sum(label) / label.size) < 0.02: continue # 将3D图像和标签变成2D图像和标签 for j in range(image.shape[0]): image_j = Image.fromarray(image[j]) label_j = Image.fromarray(label[j]) # 将2D图像变成RGB三通道的png格式的图像 image_j = image_j.convert("RGB") image_j.save(os.path.join(save_path, "images", f"{i+1:03d}_{j+1:03d}.png")) # 将2D标签变成单通道的png格式标签 label_j.save(os.path.join(save_path, "labels", f"{i+1:03d}_{j+1:03d}.png")) def get_liver_roi(label_slice): # 获取肝脏区域的坐标和大小 x, y, w, h = 0, 0, 0, 0 label_slice = label_slice.astype(np.uint8) contours, hierarchy = cv2.findContours(label_slice, cv2.RETR_EXTERNAL, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE) max_area = 0 for contour in contours: area = cv2.contourArea(contour) if area > max_area: max_area = area x, y, w, h = cv2.boundingRect(contour) return x, y, w, h for image_path, label_path in data: image_array, label_array = load_data(image_path, label_path) save_images(image_array, label_array, save_path) ``` 注意,裁剪单个肝脏区域和移除肝脏面积占比小于2%的切片的方法可能需要根据数据集的特点进行调整。同时,代码中使用了OpenCV库的一些函数,需要先安装并导入该库。

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