使用modEvA包 画一条非常漂亮的PR曲线 用新英格兰杂志配色 写出详细的代码 并作详细的代码解释

首先，我们需要安装和加载`modEvA`包和其他可能需要的包：

install.packages("modEvA")
library(modEvA)
library(ggplot2)
library(gridExtra)

然后，我们需要准备数据来计算PR曲线。在这个例子中，我们将使用`biomod2`包中的`geranium`数据集：

library(biomod2)
data(geranium)

接下来，我们需要将数据集分成两部分：一个用于建立模型，另一个用于评估模型。我们将使用70%的数据来建立模型，其余30%的数据用于评估模型性能：

set.seed(123)
train.index <- sample(1:nrow(geranium), 0.7*nrow(geranium))
train.data <- geranium[train.index, ]
test.data <- geranium[-train.index, ]

现在，我们可以使用`biomod2`包中的`BIOMOD_Modeling`函数来建立模型。在这个例子中，我们将使用随机森林算法建立模型：

library(randomForest)
library(kknn)
library(Maxent)

modeling.output <- BIOMOD_Modeling(
  models = c('RF'),
  Data = train.data,
  Y = train.data$Pres,
  Var = c('bio1', 'bio5', 'bio6', 'bio12', 'bio14'),
  VarImport = TRUE,
  NbRunEval = 3,
  Replication = 3,
  TestPercent = 30,
  SaveObj = FALSE,
  models.options = list(randomForest = list(ntree = 100)),
  models.options.custom = list(randomForest = list(importance = TRUE))
)

现在，我们可以使用`modEvA`包中的`PR.curve`函数来计算PR曲线。`PR.curve`函数需要两个参数：第一个是模型预测的概率值，第二个是真实的物种分布数据。在这个例子中，我们将使用随机森林模型的预测概率值和测试数据集中的物种分布数据：

pr.curve.output <- PR.curve(
  prob = modeling.output$Modeling$Random_Forest$Test$proba,
  obs = test.data$Pres
)

现在，我们可以使用`ggplot2`包来绘制PR曲线。我们将使用新英格兰杂志配色：

pr.plot <- ggplot(data = pr.curve.output) +
  geom_line(aes(x = Recall, y = Precision), size = 1.2, color = "#0072B2") +
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.line = element_line(color = "black", size = 0.5),
    axis.text = element_text(color = "black", size = 12),
    axis.title = element_text(color = "black", size = 16),
    legend.position = "none",
    panel.grid.minor = element_blank(),
    panel.grid.major = element_line(color = "gray", size = 0.5),
    panel.border = element_blank()
  ) +
  xlab("Recall") +
  ylab("Precision")

pr.plot

解释代码：

1. 安装和加载所需的包。
2. 加载`geranium`数据集。
3. 将数据集分成建模和测试数据集。
4. 建立随机森林模型。
5. 使用`PR.curve`函数计算PR曲线。
6. 使用`ggplot2`包绘制PR曲线。在这里，我们使用`geom_line`函数来绘制PR曲线，使用`theme_minimal`主题来减少不必要的元素，并使用`theme`函数来进行更改自定义主题。我们使用`xlab`和`ylab`函数来添加x轴和y轴标签。
7. 绘制PR曲线。