> merged_data1 <- left_join(file1, file2, by = "staxids_X", all.x = TRUE) Error in `left_join()`: ! `...` must be empty. ✖ Problematic argument: • all.x = TRUE Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.是怎么回事

这个错误可能是因为 `left_join()` 函数的参数传递方式不正确导致的。`left_join()` 函数的第一个参数应该是左连接的数据框，第二个参数是右连接的数据框，第三个参数是连接的列名。在你的代码中，第一个参数和第二个参数之间使用了 `by` 参数，这并不符合函数的使用方式。另外，`all.x` 参数也应该作为 `left_join()` 函数的参数之一传递，而不是在 `by` 参数之后。

你可以尝试以下代码，将 `by` 和 `all.x` 参数分别传递给 `left_join()` 函数：

merged_data1 <- left_join(file1, file2, by = "staxids_X", all.x = TRUE)

如果问题仍然存在，请运行 `rlang::last_trace()` 命令以查看更详细的错误信息，以便更好地解决问题。

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setwd("/Users/imac/Desktop/left_join") > > # 读取第一个 CSV 文件，将第一列列名改为ID > file1 <- read.csv("【1】output_summary.csv") > colnames(file1)[1] <- "ID" > > # 读取第二个 CSV 文件，并将其中与第一个 CSV 文件中列名相同的列重命名 > > > file2 <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/fullnamelineage.csv") Warning message: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : EOF within quoted string > > library(dplyr) > > # 将 file2 的数据根据 ID 列与 file1 进行左连接 > merged_data <- merge(file1, file2, by = "ID", all.x = TRUE) Error in fix.by(by.x, x) : 'by' must specify a uniquely valid column > 怎么回事

根据代码和错误信息分析，出现问题的是合并数据框的那行代码 `merged_data <- merge(file1, file2, by = "ID", all.x = TRUE)`。错误信息提示 "by' must specify a uniquely valid column"，这是因为 `by` 参数指定的列 "ID" 在至少一个数据框中不是唯一的，导致无法进行合并。问题可能出在第二个 CSV 文件 "fullnamelineage.csv" 的读取上，因为代码中出现了一个警告信息 "EOF within quoted string"，这意味着这个 CSV 文件存在格式错误或者缺少某些数据。建议检查并修复第二个 CSV 文件的问题，然后重新运行代码。