如何对于利用ct成像,已经提取出来的植物根系的二值化图片,图片为450张512x512的,图片为png格式,图片分辨率为0.3mm,将它堆栈成三维图像,骨架化以后,再去计算三维根系的总长度,利用3.8版本python,举个详细的例子
时间: 2024-02-27 10:54:42 浏览: 17
首先,您需要安装一些Python库,包括numpy、scikit-image、pandas、matplotlib和napari。您可以使用以下命令来安装这些库:
```
pip install numpy scikit-image pandas matplotlib napari
```
接下来,您需要使用以下代码将PNG文件堆叠为三维图像,并骨架化根系:
```python
import numpy as np
from skimage import io, morphology
from skimage.measure import label, regionprops
# 读取PNG文件并堆叠成三维图像
stack = []
for i in range(1, 451):
img = io.imread(f"root_{i}.png")
stack.append(img)
volume = np.stack(stack)
# 二值化和骨架化根系
binary = volume > 0
skeleton = morphology.skeletonize_3d(binary)
```
现在,您可以使用以下代码计算骨架化根系的总长度:
```python
# 计算每个根部的长度并将其添加到列表中
lengths = []
for region in regionprops(label(skeleton)):
length = np.sqrt((region.coords[0][0] - region.coords[-1][0]) ** 2 +
(region.coords[0][1] - region.coords[-1][1]) ** 2 +
(region.coords[0][2] - region.coords[-1][2]) ** 2) * 0.3
lengths.append(length)
# 输出总长度
total_length = sum(lengths)
print(f"Total length of root system: {total_length:.2f} mm")
```
这段代码将计算每个根部的长度并将其添加到列表中。最后,它将输出骨架化根系的总长度。请注意,在这个例子中,我们假设每个像素的大小为0.3mm。您需要根据自己的实际情况调整这个值。