Rscript run-featurecounts.R --bam parv1.sorted.bam --gtf genomic.gtf --output OUTPUT Error in argparse("run featureCounts and calculate FPKM/TPM") : could not find function "argparse" Execution halted

这个错误提示是因为 R 无法找到 `argparse` 函数，这通常是因为你没有安装必要的依赖关系或者没有正确加载必要的包。你需要确保已经安装了 `argparse` 包并且已经正确加载。你可以使用以下命令在 R 中安装和加载 `argparse` 包：

install.packages("argparse")
library(argparse)

如果已经安装了 `argparse` 包但仍然出现错误，请确保你的 R 环境中已经正确设置了环境变量和路径。

相关问题

(base) root@DESKTOP-SJ9UGKL:~/yejuhua/analysis# Rscript script/run-featurecounts.R -b /yejuhua/bam/SRR1237217sort.bam -g /yejuhua/script/gencode.v19.gft -o SRR1237217sort Error in normalizePath(files, mustWork = mustWork) : path[1]="/yejuhua/bam/SRR1237217sort.bam": No such file or directory Calls: featureCounts -> .check_and_NormPath -> normalizePath Execution halted

根据您提供的错误信息，看起来是由于文件路径不正确导致的错误。请确保您提供的文件路径是准确的，并且文件存在于指定的位置。请注意，路径应该是相对于当前工作目录或绝对路径。

在您的情况下，文件路径"/yejuhua/bam/SRR1237217sort.bam"可能不存在或无法访问。请验证该文件是否位于正确的位置，并且您具有足够的权限来访问该文件。您还可以尝试使用绝对路径，即从根目录开始的完整路径，以确保正确性。

如果问题仍然存在，请检查脚本中的其他代码，以确保没有其他错误或问题导致文件无法找到。

Rscript '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/run-featurecounts.R' -b '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/parv1.sorted.bam' -g '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/genomic.gtf' -o parv1 WARNING: unknown gui '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/genomic.gtf', using X11 Error in library(argparser, quietly = TRUE) : there is no package called ‘argparser’ Execution halted

这个错误发生在尝试加载argparser包时，因为您的R环境中没有安装argparser包。您需要先安装这个包才能使用它。

您可以使用以下代码安装argparser包：

install.packages("argparser")

如果这个命令无法正常运行，您可能需要先设置R的镜像源，例如：

options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

或者您可以使用其他镜像源。然后再次运行`install.packages("argparser")`来安装argparser包。