Input options: -6, --illumina1.3+ quality is in the Illumina-1.3+ encoding -A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs -b, --bam-list FILE list of input BAM filenames, one per line -B, --no-BAQ disable BAQ (per-Base Alignment Quality) -C, --adjust-MQ INT adjust mapping quality; recommended:50, disable:0 [0] -d, --max-depth INT max per-file depth; avoids excessive memory usage [8000] -E, --redo-BAQ recalculate BAQ on the fly, ignore existing BQs -f, --fasta-ref FILE faidx indexed reference sequence file -G, --exclude-RG FILE exclude read groups listed in FILE -l, --positions FILE skip unlisted positions (chr pos) or regions (BED) -q, --min-MQ INT skip alignments with mapQ smaller than INT [0] -Q, --min-BQ INT skip bases with baseQ/BAQ smaller than INT [13] -r, --region REG region in which pileup is generated -R, --ignore-RG ignore RG tags (one BAM = one sample) --rf, --incl-flags STR|INT required flags: skip reads with mask bits unset [] --ff, --excl-flags STR|INT filter flags: skip reads with mask bits set [UNMAP,SECONDARY,QCFAIL,DUP] -x, --ignore-overlaps disable read-pair overlap detection Output options: -o, --output FILE write output to FILE [standard output] -O, --output-BP output base positions on reads -s, --output-MQ output mapping quality --output-QNAME output read names -a output all positions (including zero depth) -a -a (or -aa) output absolutely all positions, including unused ref. sequences

这是`samtools mpileup`命令的一些输入和输出选项：

输入选项：

- `-6, --illumina1.3+`: 指定质量值采用Illumina-1.3+编码方式。
- `-A, --count-orphans`: 不丢弃异常的read pair。
- `-b, --bam-list FILE`: 指定一个包含多个BAM文件名的文件，每行一个文件名。
- `-B, --no-BAQ`: 禁用BAQ（基于位置的比对质量）。
- `-C, --adjust-MQ INT`: 调整mapping quality的值，建议使用50，禁用则使用0。
- `-d, --max-depth INT`: 每个文件的最大深度，避免过多的内存使用，默认为8000。
- `-E, --redo-BAQ`: 在运行时重新计算BAQ值，忽略现有的BQ值。
- `-f, --fasta-ref FILE`: 指定一个已建立索引的参考序列文件。
- `-G, --exclude-RG FILE`: 排除在文件中列出的read group。
- `-l, --positions FILE`: 跳过未列出的位置（chr pos）或区域（BED）。
- `-q, --min-MQ INT`: 跳过比对质量小于INT的比对结果，默认为0。
- `-Q, --min-BQ INT`: 跳过碱基质量/BAQ值小于INT的碱基，默认为13。
- `-r, --region REG`: 指定生成pileup的区域。
- `-R, --ignore-RG`: 忽略RG标签（一个BAM文件对应一个样本）。
- `--rf, --incl-flags STR|INT`: 必需的标志：跳过未设置掩码位的read，默认为空。
- `--ff, --excl-flags STR|INT`: 过滤标志：跳过设置了掩码位的read，默认为“UNMAP,SECONDARY,QCFAIL,DUP”。
- `-x, --ignore-overlaps`: 禁用read pair的重叠检测。

输出选项：

- `-o, --output FILE`: 将输出写入到指定的文件中，默认为标准输出。
- `-O, --output-BP`: 输出read上的碱基位置。
- `-s, --output-MQ`: 输出mapping quality。
- `--output-QNAME`: 输出read的名称。
- `-a`: 输出所有位置（包括深度为0的位置）。
- `-a -a`（或`-aa`）: 输出全部位置，包括未使用的参考序列。