解释一下这段代码 ori_data = pd.read_csv('F:/patient.csv') ori_data.loc[:, 'id'] = ori_data.loc[:, 'patient_id'].apply(lambda x: x[:7]) index = set(ori_data['id']) column = list(ori_data.columns) del column[0] del column[-1] average = pd.DataFrame(index=index, columns=column) for k in column: result = ori_data.groupby('id')[k].mean() average.loc[:, k] = result column = list(average.columns) data = average.loc[:, column[0]:column[-3]] # 自变量 target = average.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']],如果不用平均了,这段代码应该如何修改
时间: 2023-10-18 15:04:20 浏览: 49
这段代码的作用是读取一个名为'patient.csv'的文件,对数据进行预处理,然后计算每个病人的平均值。接下来,将所有病人的平均值存储在一个名为'average'的DataFrame中,其中每一行代表一个病人,每一列代表一个特征。最后,从'average' DataFrame中提取自变量和目标变量。
如果不用平均值,应该删除对于平均值的计算和存储。代码修改如下:
```python
ori_data = pd.read_csv('F:/patient.csv')
index = set(ori_data['patient_id'])
column = list(ori_data.columns)
del column[0] # 删除第一列'patient_id'
data = ori_data.loc[:, column[:-2]] # 自变量
target = ori_data.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']] # 目标变量
```
这样就可以直接从原始数据中获取自变量和目标变量。其中,自变量的提取使用了切片方法,切掉了最后两列,即'TIMEsurvival'和'EVENTdeath'列。
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解释一下每行代码 ori_data = pd.read_csv('F:/patient.csv') ori_data.loc[:, 'id'] = ori_data.loc[:, 'patient_id'].apply(lambda x: x[:7]) index = set(ori_data['id']) column = list(ori_data.columns) del column[0] del column[-1] average = pd.DataFrame(index=index, columns=column) for k in column: result = ori_data.groupby('id')[k].mean() average.loc[:, k] = result column = list(average.columns) data = average.loc[:, column[0]:column[-3]] # 自变量 target = average.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']],
Sure, 这段代码的作用是对'F:/patient.csv'中的数据进行处理,提取出自变量和目标变量。下面分行解释每段代码的作用:
1. `ori_data = pd.read_csv('F:/patient.csv')`:从磁盘中读取'F:/patient.csv'文件中的数据,存储为一个名为ori_data的DataFrame。
2. `ori_data.loc[:, 'id'] = ori_data.loc[:, 'patient_id'].apply(lambda x: x[:7])`:在原始数据DataFrame中增加一列'id',其中每个元素为'patient_id'的前7个字符。这一步目的是为了将所有ID转换为统一的格式,方便后面的计算。
3. `index = set(ori_data['id'])`:获取所有唯一的id值,存储为一个集合。
4. `column = list(ori_data.columns)`:获取所有列名,存储为一个列表。
5. `del column[0]`:删除第一列'patient_id',因为已经用'id'列代替。
6. `del column[-1]`:删除最后一列,即'EVENTdeath',因为这一列是目标变量。
7. `average = pd.DataFrame(index=index, columns=column)`:创建一个名为'average'的DataFrame,其中行是每个病人的ID,列是每个特征的名称。
8. `for k in column: result = ori_data.groupby('id')[k].mean() average.loc[:, k] = result`:对于每一列特征,计算每个病人的平均值,并将这些平均值存储在'average' DataFrame中。
9. `column = list(average.columns)`:获取'average' DataFrame中所有列的名称,存储为一个列表。
10. `data = average.loc[:, column[0]:column[-3]]`:从'average' DataFrame中提取自变量,即所有特征列,除了最后两列'TIMEsurvival'和'EVENTdeath'。
11. `target = average.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']]`:从'average' DataFrame中提取目标变量,即最后两列'TIMEsurvival'和'EVENTdeath'。
scaler = MinMaxScaler().fit(ori_data) ori_data = scaler.transform(ori_data)
这部分代码使用了MinMaxScaler进行数据归一化处理。
首先,通过创建一个MinMaxScaler对象,并使用fit()方法将其拟合到ori_data数据上。这将计算出归一化所需的最小值和最大值。
然后,使用transform()方法将ori_data数据进行归一化转换。这里的归一化是指将原始数据按比例缩放到指定的范围(默认是[0, 1])。这样可以确保数据在相同的尺度范围内,有助于提高模型的性能和稳定性。
最终,归一化后的数据存储在ori_data中,可以在后续的代码中使用。