Installing 23 packages: sys, tzdb, matrixStats, MatrixGenerics, R.methodsS3, viridisLite, cachem, jsonlite, httr, curl, filelock, vroom, DelayedArray, GenomicRanges, R.oo, evaluate, BiocFileCache, XML, TCGAbiolinksGUI.data, SummarizedExperiment, R.utils, knitr, biomaRt Error: Failed to install 'TCGAbiolinks' from GitHub: error reading from connection怎么回事
时间: 2023-09-18 20:14:01 浏览: 178
这个错误通常表示网络连接出现问题,导致无法从GitHub上下载`TCGAbiolinks`包以及其依赖包。
你可以尝试以下解决方法:
1. 确认你的网络连接正常,可以尝试使用其他软件下载或者打开网页检查。
2. 尝试更换CRAN镜像源,使用以下命令更换为China镜像源:
```
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
```
3. 尝试使用`BiocManager`包安装`TCGAbiolinks`包和其依赖包。使用以下命令:
```
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("sys", "tzdb", "matrixStats", "MatrixGenerics", "R.methodsS3", "viridisLite", "cachem", "jsonlite", "httr", "curl", "filelock", "vroom", "DelayedArray", "GenomicRanges", "R.oo", "evaluate", "BiocFileCache", "XML", "SummarizedExperiment", "R.utils", "knitr", "biomaRt", "TCGAbiolinks"))
```
请注意,这些包的安装可能需要较长时间,具体时间取决于你的网络速度和计算机性能。
希望这些方法可以帮助你解决问题。
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