在磁盘的扩展分区中建立两个逻辑分区，文件系统分别是ext3和vfat，并在系统启动时挂载到文件系统中。

1. 分区
首先，需要对磁盘进行分区。假设磁盘为/dev/sdb，可以使用fdisk进行分区：

sudo fdisk /dev/sdb

输入m查看帮助信息。接着，按下n键，创建新分区。分区类型选择逻辑分区（分区类型代码8e）。

分配分区号，如5，输入分区起始磁头（cylinder）和末尾磁头，也可以输入“+”表示使用默认值。接着，输入分区大小，可以输入M表示使用兆字节。

分别建立两个分区，然后保存并退出。可以使用lsblk查看新分区情况。

2. 格式化并挂载分区
使用mkfs命令将两个分区格式化。

sudo mkfs.ext3 /dev/sdb5
sudo mkfs.vfat /dev/sdb6

要挂载分区，建立目录（如，/mnt/ext3和/mnt/vfat)。

sudo mkdir /mnt/ext3
sudo mkdir /mnt/vfat

然后将分区挂载到目录下：

sudo mount /dev/sdb5 /mnt/ext3
sudo mount /dev/sdb6 /mnt/vfat

需要在/etc/fstab文件中添加挂载信息，这样每次系统启动后会自动挂载。

在/etc/fstab文件中，添加类似如下信息：

/dev/sdb5 /mnt/ext3 ext3 defaults 0 2
/dev/sdb6 /mnt/vfat vfat defaults 0 2

以上是CentOS Linux中的示例。根据其他系统中的差异，可能需要修改以上命令。