从头写一段代码计算每个分子片段出现的频率

好的，以下是一段从头开始编写的代码，用于计算分子中每个片段的频率：

from rdkit import Chem

# 读取分子文件并转换为 RDKit 分子对象
with open('path/to/smi/file', 'r') as f:
    smiles = f.readlines()
smiles = [s.strip() for s in smiles]
mols = [Chem.MolFromSmiles(smi) for smi in smiles]

# 读取分子片段文件并转换为 RDKit 分子对象
with open('path/to/submol/file', 'r') as f:
    submol_smarts = f.readlines()
submol_smarts = [s.strip() for s in submol_smarts]
submols = [Chem.MolFromSmarts(sma) for sma in submol_smarts]

# 计算分子片段出现的频率
freq_dict = {}
for idx, mol in enumerate(mols):
    freq_dict[idx] = {}
    atoms_num = mol.GetNumAtoms()
    for submol_idx, submol in enumerate(submols):
        if mol.HasSubstructMatch(submol):
            submol_atoms_num = submol.GetNumAtoms()
            freq = mol.GetSubstructMatches(submol) / (atoms_num - submol_atoms_num + 1)
            freq_dict[idx][submol_idx] = freq

# 输出结果
for idx, freqs in freq_dict.items():
    print(f'分子{idx}中各片段出现的频率：')
    for submol_idx, freq in freqs.items():
        print(f'片段{submol_idx}: {freq:.3f}')

在这个代码中，我们首先读取包含分子 SMILES 的文件，并将其转换为 RDKit 分子对象。接着，我们读取包含分子片段 SMARTS 的文件，并将其转换为 RDKit 分子对象。然后，我们循环遍历所有分子和分子片段，计算每个分子片段出现的频率。最后，我们输出结果。