import argparse import numpy as np from openeye import oechem def clear_stereochemistry(mol): clear_atom_stereochemistry(mol) clear_bond_sterochemistry(mol) oechem.OESuppressHydrogens(mol, False, False, False) def clear_atom_stereochemistry(mol): for atom in mol.GetAtoms(): chiral = atom.IsChiral() stereo = oechem.OEAtomStereo_Undefined v = [] for nbr in atom.GetAtoms(): v.append(nbr) if atom.HasStereoSpecified(oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral): stereo = atom.GetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral) if chiral or stereo != oechem.OEAtomStereo_Undefined: atom.SetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral, oechem.OEAtomStereo_Undefined) def clear_bond_sterochemistry(mol): for bond in mol.GetBonds(): if bond.HasStereoSpecified(oechem.OEBondStereo_CisTrans): for atomB in bond.GetBgn().GetAtoms(): if atomB == bond.GetEnd(): continue for atomE in bond.GetEnd().GetAtoms(): if atomE == bond.GetBgn(): continue v = [] v.append(atomB) v.append(atomE) stereo = bond.SetStereo(v, oechem.OEBondStereo_CisTrans, oechem.OEBondStereo_Undefined) def abs_smi(x): mol = oechem.OEGraphMol() if oechem.OESmilesToMol(mol, x): clear_stereochemistry(mol) return oechem.OEMolToSmiles(mol) else: return np.nan if __name__ == '__main__': parser = argparse.ArgumentParser(description="Remove stereochemistry from the input data set.") parser.add_argument("--in",dest="infile",help="whitespace-delimited input file",metavar="in.csv") parser.add_argument("--out", dest="outfile", help="output file", metavar="out.csv") args = parser.parse_args() n=0 with open(args.infile, 'r') as ifs: with open(args.outfile, 'w') as ofs: for line in ifs: if n==0: ofs.write(line) n=1 else: parsed = line.strip().split(',') if ('.' not in parsed[0]): ofs.write(f"{abs_smi(parsed[0])},{parsed[1]}\n")

这段代码是一个用于清除分子中立体化学信息的 Python 脚本。它使用了 OpenEye 包中的 oechem 模块来操作分子，并可以通过命令行参数指定输入输出文件。

脚本的主要功能在于定义了三个函数：`clear_stereochemistry`、`clear_atom_stereochemistry` 和 `clear_bond_sterochemistry`，它们分别用于清除分子中的原子立体信息、键立体信息和所有立体信息。这些函数都是通过遍历分子的原子和键，检查是否存在立体信息并将其清除来实现的。

另外，脚本还定义了一个名为 `abs_smi` 的函数，该函数将 SMILES 格式的分子字符串作为输入，并返回一个没有立体信息的 SMILES 字符串。它首先将输入的 SMILES 字符串转换为分子对象，然后调用之前定义的 `clear_stereochemistry` 函数清除立体信息，最后将分子对象转换回 SMILES 格式并返回。

在 `if __name__ == '__main__':` 语句块中，脚本使用 argparse 模块解析命令行参数，然后打开输入文件读取数据并将结果写入输出文件。对于每一行数据，脚本使用 `abs_smi` 函数先清除分子中的立体信息，然后将处理后的 SMILES 字符串写入输出文件。