conda安装blast
时间: 2023-07-08 08:47:43 浏览: 1972
您可以使用conda来安装BLAST,以下是安装步骤:
1. 安装conda:
如果您尚未安装conda,则可以按照[官方文档](https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/)进行安装。
2. 创建一个新的conda环境:
```
conda create -n blast_env
```
这将创建一个名为`blast_env`的新conda环境。
3. 激活conda环境:
```
conda activate blast_env
```
4. 安装BLAST:
```
conda install -c bioconda blast
```
这将使用bioconda渠道安装BLAST软件包。
5. 下载BLAST数据库:
您可以从NCBI FTP网站下载所需的数据库文件。例如,如果您需要下载NR数据库,请使用以下命令:
```
mkdir blastdb
cd blastdb
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gz
tar -zxvf nr.*.tar.gz
```
请注意,上述命令将NR数据库下载到当前目录的`blastdb`子目录中。
6. 运行BLAST:
您可以在终端中使用以下命令运行BLAST:
```
blastp -query input.fasta -db blastdb/nr -out output.txt
```
上述命令将运行blastp程序,使用input.fasta作为查询序列,并使用NR数据库进行比对。比对结果将保存在output.txt文件中。
希望这可以帮助您使用conda在您的计算机上安装和使用BLAST。
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