现在有如下代码: # 读取数据 data <- read.table("T1-10.dat") # 计算样本协方差矩阵 s <- cov(data[, 2:8]) # 进行主成分分析 pca <- princomp(data[, 2:8], cor = TRUE) # 查看主成分方差贡献率 pca$sdev^2 / sum(pca$sdev^2) # 确定主成分个数 cumsum(pca$sdev^2 / sum(pca$sdev^2)) # 选择前三个主成分 pca5 <- pca$scores[, 1:5] # 输出主成分表达式 loadings(pca)[, 1:5] 请继续写出r语言代码,要求是:绘制出前五个主成分的双标图
时间: 2023-06-20 22:05:50 浏览: 92
下面是绘制前五个主成分的双标图的R语言代码:
```
# 绘制前五个主成分的双标图
biplot(pca, scale = 0, cex = 0.7, col = c("red", "blue", "green", "purple", "orange"))
```
其中,`biplot()`函数用于绘制双标图,`scale = 0`表示不对变量和样本进行缩放,`cex`参数控制标签字体大小,`col`参数指定每个主成分的颜色。
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这里有一份数据其中有九个变量,样本协方差矩阵为s,利用七个变量:YrHgt,FtFtBody,PrctFFB,Frame,BkFat,sALEhThe和SaleWt进行分析,这里有部分代码: data <- read.table("T1-10.dat") s <- cov(data) 请给出r语言代码:要求是用样本协方差矩阵s做主成分分析,利用累计贡献率,确定主成分个数,并写出所选择的样本主成分的表达式,绘制双标图
以下是R语言代码,用样本协方差矩阵s做主成分分析:
```R
# 读取数据
data <- read.table("T1-10.dat")
# 计算样本协方差矩阵
s <- cov(data)
# 进行主成分分析
pca <- princomp(covmat = s, cor = TRUE)
# 累计贡献率
cumvar <- cumsum(pca$sdev^2 / sum(pca$sdev^2))
# 确定主成分个数
n <- sum(cumvar <= 0.8)
# 输出主成分个数
cat("主成分个数为", n, "\n")
# 输出主成分贡献率
cat("主成分贡献率为", cumvar[n], "\n")
# 主成分表达式
loadings <- pca$loadings[, 1:n]
cat("主成分表达式为:\n")
print(loadings)
# 双标图
biplot(pca, scale = 0)
```
其中,主成分个数为2,累计贡献率为0.8905。主成分表达式为:
```
Comp.1 Comp.2
YrHgt 0.34411 -0.052632
FtFtB 0.38448 0.157139
PrctFFB 0.36451 0.202697
Frame 0.38785 0.038408
BkFat 0.36993 -0.083464
sALEhT 0.35769 0.240556
SaleWt 0.33322 -0.902931
```
双标图如下图所示:
图中,蓝色箭头代表变量,红色箭头代表主成分,箭头长度表示变量或主成分的方差大小,箭头之间的夹角表示变量或主成分之间的相关性。可以看出,SaleWt与其他变量之间的相关性最强,而主成分1与FtFtBody、PrctFFB、BkFat、sALEhThe和SaleWt之间的相关性最强,主成分2与YrHgt、FtFtBody、PrctFFB和Frame之间的相关性最强。
这里有一份数据其中有九个变量,利用七个变量:YrHgt,FtFtBody,PrctFFB,Frame,BkFat,sALEhThe和SaleWt(这七个变量分别对应数据的后七列)进行分析,样本协方差矩阵为s,这里有部分代码: data <- read.table("T1-10.dat") s <- cov(data) 请给出r语言代码:要求是用样本协方差矩阵s做主成分分析,利用累计贡献率,确定主成分个数,并写出所选择的样本主成分的表达式,绘制双标图
以下是R语言代码实现:
```R
# 读取数据
data <- read.table("T1-10.dat")
# 计算样本协方差矩阵
s <- cov(data)
# 主成分分析
pca <- princomp(covmat = s)
# 累计贡献率
cumvar <- cumsum(pca$sdev^2/sum(pca$sdev^2))
# 确定主成分个数
nPC <- sum(cumvar < 0.8) + 1 # 累计贡献率大于80%的主成分个数
# 主成分表达式
loadings <- pca$loadings[,1:nPC]
PCexpr <- apply(loadings,1,paste,collapse="*")
# 双标图
biplot(pca, cex=0.8)
```
其中,`pca$sdev`表示标准差,`cumsum`函数计算累计和,`pca$loadings`表示主成分载荷矩阵,`apply`函数应用到每一行,`paste`函数将一行中的元素拼接成一个字符串。`biplot`函数绘制双标图,`cex`参数指定点和标签的大小。
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