用脚本下载HG19/HG38/mm9/mm10 参考基因组
时间: 2023-07-12 19:57:11 浏览: 165
用于下载国家统计局数据的脚本
您可以使用以下Python脚本来自动下载UCSC网站上的HG19/HG38/mm9/mm10参考基因组:
```python
import os
import urllib.request
# 定义要下载的基因组版本和数据类型
genome_version = "hg19"
data_type = "chromFa.tar.gz"
# 定义要保存的文件路径
output_folder = "/path/to/output/folder"
# 定义要下载的文件链接
url = "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/{}/bigZips/{}".format(genome_version, data_type)
# 创建文件夹(如果不存在)
if not os.path.exists(output_folder):
os.makedirs(output_folder)
# 下载文件
output_file = os.path.join(output_folder, data_type)
print("Downloading {}...".format(url))
urllib.request.urlretrieve(url, output_file)
print("Download finished!")
```
在上面的脚本中,您需要指定要下载的基因组版本和数据类型,以及要保存的输出文件夹路径。该脚本会自动从UCSC网站上下载指定版本的参考基因组数据,并将其保存在指定的输出文件夹中。
需要注意的是,该脚本需要在Python环境下运行,并且需要安装相应的依赖库(如urllib)。另外,不同的基因组版本下载链接可能会有所不同,具体操作还需要根据实际情况进行。
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