R语言进行生存分析,cox模型,GBM模型,随机生存森林模型,coxboost模型,survivalsvm模型的变量重要性排名和图的生成代码。以及Bscor的得分代码和KM生存曲线代码详解
时间: 2023-07-15 17:14:24 浏览: 223
survival-models:生存数据分析中各种模型的R和SAS代码
1. 变量重要性排名和图的生成代码:
对于Cox模型,可以使用`coxph()`函数进行建模。建立模型后,可以通过`summary()`函数查看每个变量的重要性排序。
```r
# 建立Cox模型
cox_model <- coxph(Surv(time, status) ~ ., data = df)
# 查看变量重要性排名
summary(cox_model)
```
对于GBM模型,可以使用`gbm()`函数进行建模。在建立模型时,可以设置`importance = TRUE`以计算每个变量的重要性得分。
```r
# 建立GBM模型
gbm_model <- gbm(Surv(time, status) ~ ., data = df, distribution = "coxph", n.trees = 1000, interaction.depth = 3, shrinkage = 0.01, importance = TRUE)
# 查看变量重要性排名
summary(gbm_model)
```
对于随机生存森林模型,可以使用`randomForestSRC()`函数进行建模。在建立模型时,可以设置`importance = TRUE`以计算每个变量的重要性得分。
```r
# 建立随机生存森林模型
rf_model <- rfsrc(Surv(time, status) ~ ., data = df, ntree = 1000, na.action = na.roughfix, importance = TRUE)
# 查看变量重要性排名
varImpPlot(rf_model)
```
对于coxboost模型,可以使用`cboost()`函数进行建模。在建立模型时,可以设置`importance = TRUE`以计算每个变量的重要性得分。
```r
# 建立coxboost模型
coxboost_model <- cboost(Surv(time, status) ~ ., data = df, control = boost_control(mstop = 200, nu = 0.1), family = "coxph", importance = TRUE)
# 查看变量重要性排名
summary(coxboost_model)
```
对于survivalsvm模型,可以使用`svm()`函数进行建模。在建立模型时,可以设置`importance = TRUE`以计算每个变量的重要性得分。
```r
# 建立survivalsvm模型
svm_model <- svm(Surv(time, status) ~ ., data = df, kernel = "radial", type = "C-classification", probability = TRUE, importance = TRUE)
# 查看变量重要性排名
varImpPlot(svm_model)
```
2. Bscor的得分代码:
Bscor是一种评估生存预测模型性能的指标,可以使用`bscor()`函数进行计算。需要提供模型的预测结果和实际结果。
```r
# 计算Bscor得分
bscor(predicted, actual)
```
3. KM生存曲线代码详解:
对于生存分析,可以使用Kaplan-Meier方法来估计生存曲线。在R语言中,可以使用`survfit()`函数来计算生存曲线。需要提供生存时间和事件(是否发生事件)。
```r
# 计算生存曲线
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = df)
# 绘制生存曲线
plot(km_fit, xlab = "Time", ylab = "Survival Probability", main = "Kaplan-Meier Survival Curve")
```
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