据已知蛋白名称从基因组提取蛋白序列Python代码不使用Biopython库

可以使用Python内置的`re`模块来实现从基因组中提取蛋白序列的功能。以下是一个示例代码：

import re

# 基因组序列
genome = "ATGACGTACGCGTAACTAGCGATCGATCGATCGAGTACGCGAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGT"

# 正则表达式模式
pattern = r"(ATG(?:...)*?)(?:TAA|TAG|TGA)"

# 匹配正则表达式
matches = re.findall(pattern, genome)

# 输出所有匹配到的蛋白序列
for match in matches:
    print(match)

代码解释：

1. 首先定义了一个基因组序列`genome`，这里只是一个示例，实际应用中应该根据需要进行替换。
2. 定义了正则表达式模式`pattern`，该模式可以匹配起始密码子（ATG）和终止密码子（TAA、TAG或TGA）之间的所有碱基。
3. 使用`re.findall()`函数匹配所有符合模式的子串，并将结果保存在`matches`列表中。
4. 最后，遍历`matches`列表并输出所有匹配到的蛋白序列。

需要注意的是，这种方法只是提取了基因组中所有可能的蛋白序列，而不是已知的蛋白序列。如果需要提取已知蛋白序列，还需要使用一些额外的信息，比如蛋白序列的ID或注释信息。