用python提取PyRadiomics中"Original"的entropy特征,配置文件yaml文件应该如何写
时间: 2023-05-29 12:05:08 浏览: 70
在PyRadiomics中提取"Original"的entropy特征,需要在yaml配置文件中指定以下参数:
- imageType: 选择"Original"作为图像类型;
- features: 选择"entropy"作为特征。
下面是一个示例yaml配置文件:
```
imageType: Original
enableCExtensions: true
featureClass: firstorder
features:
- name: entropy
```
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用python提取PyRadiomics中每个体素的"Original"的entropy特征,配置文件yaml文件应该如何写
在PyRadiomics中提取"Original"的entropy特征,需要在配置文件yaml文件中指定特征提取方式和要提取的特征,配置文件yaml文件应该如下:
```
imageType: Original
featureClass: shape,firstorder,glcm,glrlm,glszm,ngtdm,gldm
omitSymmetry: true
normalize: true
interpolator: sitkBSpline
enableCExtensions: true
binWidth: 25
sigma: 1.0
enableLogging: false
enableImageTypes: false
shape:
enabled: true
firstorder:
enabled: true
features: ['Entropy']
glcm:
enabled: true
symmetric: true
distance: [1]
angles: [0, 45, 90, 135]
features: ['Entropy']
glrlm:
enabled: true
distance: [1]
angles: [0, 45, 90, 135]
features: ['Entropy']
glszm:
enabled: true
bins: 64
features: ['Entropy']
ngtdm:
enabled: true
distance: [1]
features: ['Entropy']
gldm:
enabled: true
features: ['Entropy']
```
在上面的配置文件中,我们指定了要提取的特征类别,包括shape、firstorder、glcm、glrlm、glszm、ngtdm和gldm,然后在每个特征类别下面指定要提取的特征,如在firstorder下面指定了要提取的Entropy特征。同时,我们也指定了要提取的图像类型为Original,并且将normalize设置为true以进行归一化处理。最后,我们将enableLogging设置为false以关闭日志记录,将enableImageTypes设置为false以禁止使用所有图像类型,只使用指定的图像类型。
我想用python提取pyradiomics中的一个特征entropy,请问应该怎么具体设置配置文件
要提取pyradiomics中的entropy特征,需要在配置文件中进行以下设置:
1. 在"imageType"部分中,选择要分析的图像类型,例如"Original"或"LoG"等。
2. 在"enableFeatures"部分中,添加"entropy"特征。
3. 如果需要对图像进行滤波处理,可以在"filters"部分中添加相应的滤波器。
4. 根据需要,可以在"binWidth"和"minimumAllowedValue"部分中设置直方图的参数,以便计算entropy特征。
以下是一个示例配置文件:
```yaml
imageType:
Original:
enableResampling: False
resampledPixelSpacing: None
interpolation: None
padDistance: 5
padValue: 0
normalize: None
additionalInfo: {}
LoG:
sigma: [1.0, 2.0, 3.0]
normalize: None
additionalInfo: {}
enableFeatures: [entropy]
filters:
Laplacian:
sigma: [0.5, 1.0, 1.5]
normalize: None
additionalInfo: {}
binWidth: 25
minimumAllowedValue: -1000
```
需要注意的是,配置文件的具体设置取决于所使用的图像和分析目的,因此需要根据实际情况进行调整。