用python提取PyRadiomics中"Original"的entropy特征,配置文件yaml文件应该如何写
时间: 2023-05-29 15:05:08 浏览: 302
在PyRadiomics中提取"Original"的entropy特征,需要在yaml配置文件中指定以下参数:
- imageType: 选择"Original"作为图像类型;
- features: 选择"entropy"作为特征。
下面是一个示例yaml配置文件:
```
imageType: Original
enableCExtensions: true
featureClass: firstorder
features:
- name: entropy
```
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用python提取PyRadiomics中每个体素的"Original"的entropy特征,配置文件yaml文件应该如何写
在PyRadiomics中提取"Original"的entropy特征,需要在配置文件yaml文件中指定特征提取方式和要提取的特征,配置文件yaml文件应该如下:
```
imageType: Original
featureClass: shape,firstorder,glcm,glrlm,glszm,ngtdm,gldm
omitSymmetry: true
normalize: true
interpolator: sitkBSpline
enableCExtensions: true
binWidth: 25
sigma: 1.0
enableLogging: false
enableImageTypes: false
shape:
enabled: true
firstorder:
enabled: true
features: ['Entropy']
glcm:
enabled: true
symmetric: true
distance: [1]
angles: [0, 45, 90, 135]
features: ['Entropy']
glrlm:
enabled: true
distance: [1]
angles: [0, 45, 90, 135]
features: ['Entropy']
glszm:
enabled: true
bins: 64
features: ['Entropy']
ngtdm:
enabled: true
distance: [1]
features: ['Entropy']
gldm:
enabled: true
features: ['Entropy']
```
在上面的配置文件中,我们指定了要提取的特征类别,包括shape、firstorder、glcm、glrlm、glszm、ngtdm和gldm,然后在每个特征类别下面指定要提取的特征,如在firstorder下面指定了要提取的Entropy特征。同时,我们也指定了要提取的图像类型为Original,并且将normalize设置为true以进行归一化处理。最后,我们将enableLogging设置为false以关闭日志记录,将enableImageTypes设置为false以禁止使用所有图像类型,只使用指定的图像类型。
我想用python提取pyradiomics中"Original"的一个特征entropy,请问应该怎么具体设置配置文件
要提取PyRadiomics中"Original"的entropy特征,您需要在配置文件中设置以下内容:
1. 设置特征计算器为"original_firstorder",以计算原始图像的第一阶段特征。
```
featureClass:
name: 'pyradiomics.firstorder'
enabled: true
kwargs:
label: 1
minimumROIDimensions: 2
normalize: true
voxelBased: false
additionalInfo: true
featureSettings:
original_firstorder:
enabled: true
```
2. 在"original_firstorder"中启用"Entropy"特征。
```
featureClass:
name: 'pyradiomics.firstorder'
enabled: true
kwargs:
label: 1
minimumROIDimensions: 2
normalize: true
voxelBased: false
additionalInfo: true
featureSettings:
original_firstorder:
enabled: true
Entropy:
enabled: true
```
3. 保存配置文件并使用pyradiomics计算特征。
```
import os
import radiomics
# 加载配置文件
params = os.path.join(radiomics.__path__[0], 'exampleSettings', 'Params.yaml')
# 计算特征
extractor = radiomics.featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor(params)
featureVector = extractor.execute(imageFilePath, maskFilePath)
```
其中,"imageFilePath"和"maskFilePath"分别为原始图像和掩模文件的路径。计算完成后,您可以在"featureVector"中找到提取的"Entropy"特征值。
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