对用edgeR软件得到的差异基因表达结果做火山图和基因注释
时间: 2023-05-24 22:03:06 浏览: 166
A:好的,我可以给出一些步骤和方法:
1. 导出edgeR分析得到的差异基因列表,包括基因名、log2 Fold Change、p-value等信息;
2. 使用R语言中的ggplot2包来画火山图,具体代码如下:
```
library(ggplot2)
data <- read.table("diff_genes.txt", header=T, sep="\t")
data$label <- ifelse(data$padj <= 0.05 & abs(data$logFC) >= 1, as.character(data$Gene), "")
ggplot(data, aes(x=logFC, y=-log10(padj), color=label)) +
geom_point(alpha=0.5, size=2.5) +
geom_vline(xintercept=c(-1,1), linetype="dashed") +
geom_hline(yintercept=-log10(0.05), linetype="dashed") +
scale_color_manual(values=c("red","black")) +
labs(title="Volcano Plot", x="log2 Fold Change", y="-log10(p-value)") +
theme_bw()
```
注:这里的 `diff_genes.txt` 是保存edgeR分析结果的文件名,需根据具体情况作相应修改。
3. 根据火山图上的点所对应的基因ID,进行基因注释。可以使用一些公共的数据库,如Gene Ontology (GO)、KEGG、Reactome等来进行注释。以GO为例,可以使用R语言中的clusterProfiler包进行富集分析,具体代码如下:
```
library(clusterProfiler)
gene_list <- data$Gene[data$padj <= 0.05 & abs(data$logFC) >= 1]
go_enrich <- enrichGO(gene_list, keyType="SYMBOL", OrgDb="org.Hs.eg.db", ont="BP", pvalueCutoff=0.05)
```
注:这里的 `org.Hs.eg.db` 是一个包含人类基因注释信息的数据库,可以根据需要切换不同的物种数据库。
4. 最后根据富集结果,使用R语言中的ggplot2包绘制柱状图、饼图等进行可视化展示。
希望以上步骤和代码能够帮助到你!