写一个python脚本，使用os、sys，输入一个目录（如HepG2_SMNDC1），提取其中的Ctrl、rep1、rep2（如HepG2_SMNDC1）的bam文件作为变量，进行samtools index

好的，我理解了你的要求，以下是实现这个功能的Python脚本：

import os
import sys

# 获取目录名
dir_name = sys.argv[1]

# 构造文件名列表
file_names = [dir_name + '_Ctrl.bam', dir_name + '_rep1.bam', dir_name + '_rep2.bam']

# 遍历文件名列表，逐个进行索引
for file_name in file_names:
    # 构造索引命令
    index_command = 'samtools index ' + file_name
    
    # 执行索引命令
    os.system(index_command)
    
    # 输出索引完成信息
    print(file_name + ' has been indexed.')

这个脚本接受一个参数，即目录名，然后根据Ctrl、rep1、rep2的文件名规律构造文件名列表，逐个进行索引，并输出索引完成的信息。你可以在终端中输入以下命令来运行这个脚本：

python script.py HepG2_SMNDC1

其中，`script.py` 是你保存这个脚本的文件名。