sctransform
时间: 2023-10-21 21:27:49 浏览: 31
Sctransform是一个用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的R软件包,它提供了用于数据预处理和规范化的功能。该软件包可以用于通过批次校正、正则化和可变性模型来处理单细胞数据,并对其进行降维和聚类分析。Sctransform的目标是去除生物学和技术因素引入的噪声,以便更准确地识别细胞类型和研究基因表达的变化。
相关问题
sctransform整合
sctransform是一种用于单细胞转录组数据分析的方法。它可以通过归一化和标准化数据来减少技术差异,并提取更多的生物差异。sctransform的结果保存在pbmc\[\[“SCT”\]\]中,其中包括原始矩阵、归一化矩阵、标准化矩阵和找到的变异特征。sctransform默认会找到3000个变异特征,但也可以根据需要进行调整。此外,sctransform认为新增加的1000个基因可能包含之前未检测到的微弱生物差异。即使使用全部基因进行下游分析,结果也与sctransform选取的3000个基因的结果相似。\[1\]\[2\]\[3\]
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [SCTransform:单细胞样本的标准化](https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/122183029)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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