trimmomatic中单端与双端有哪些可选参数是分别特有的，单端与双端分别可以使用那些可选参数，那些参数不可以混用？接头文件如何制作？制作接头文件注意事项有哪些？比对序列是什么？如何制作比对序列文件？

1. 可选参数

在trimmomatic中，单端和双端序列处理有一些可选参数是分别特有的，例如：

单端序列特有参数：

- SE：单端序列输入格式；
- SLIDINGWINDOW：滑动窗口的大小和平均质量值的阈值；
- TRAILING：剪切序列末端低质量的碱基；
- HEADCROP：剪切序列开头低质量的碱基；
- MINLEN：保留序列的最小长度；
- TOPHRED33：指定Phred33质量值体系。

双端序列特有参数：

- PE：双端序列输入格式；
- PHRED33/PHRED64：指定Phred33或Phred64质量值体系；
- ILLUMINACLIP：指定Illumina adapter的序列文件和阈值；
- LEADING：剪切序列开头低质量的碱基；
- CROP：剪切序列末端低质量的碱基；
- MINLEN：保留序列的最小长度。

单端和双端序列都可以使用的参数包括：

- THREADS：指定线程数；
- AVGQUAL：指定平均质量值的阈值。

需要注意的是，单端和双端序列的可选参数不能混用，否则会出错。

2. 制作接头文件的注意事项

接头文件用于去除测序过程中引入的adapter序列，需要注意以下几点：

- adapter序列需要根据实验数据来确定；
- adapter序列需要从测序厂商的网站上下载；
- adapter序列需要按照trimmomatic的格式来进行制作；
- adapter序列制作完成后，需要在trimmomatic的命令中指定。

例如，制作Illumina adapter序列的命令如下：

java -jar trimmomatic-0.39.jar illuminaclip adapters.fa:2:30:10

其中，adapters.fa是adapter序列文件，2表示最少重复2次，30表示最小匹配长度为30，10表示最大允许的错误率为10%。

3. 比对序列和比对序列文件的制作

比对序列是用于比对分析的参考序列，可以从NCBI等数据库中下载。比对序列文件需要根据比对工具的要求来制作，例如，使用Bowtie2进行比对，需要将比对序列文件建立索引，命令如下：

bowtie2-build reference.fa reference

其中，reference.fa是比对序列文件，reference是建立的索引文件名。建立索引后，就可以使用Bowtie2进行比对分析了。