Unrecognised tag: 'id' (position: START_TAG seen ...<mirror>--> \n\t<id>... @163:6) @ C:\apache-maven-3.6.1\conf\settings.xml, line 163, column 6

这个错误是由于在 Maven 的 settings.xml 文件中出现了一个未识别的标签 "id" 导致的。根据错误信息，这个问题出现在 settings.xml 文件的第163行第6列位置。

要解决这个问题，你需要打开 settings.xml 文件，并检查第163行附近的代码。确认是否有一个名为 "id" 的标签被错误地放置在了不应该出现的位置。

你可以尝试移除或修复这个标签，然后保存文件并重新运行 Maven 命令。这样应该能够解决这个错误。如果你需要更详细的帮助，请提供相关代码片段，我将尽力协助你解决问题。

相关问题

Unrecognised tag: 'distributionManagement' (position: START_TAG seen ...</pluginRepositories>\n\t\t\t\n\t\t\t<distributionManagement>.

"Unrecognised tag: 'distributionManagement'"是一个错误信息，它表示在XML文件中存在一个未被识别的标签。在你提供的信息中，错误出现在<distributionManagement>标签处。

<distributionManagement>标签通常用于指定项目的发布配置和部署目标。它包含了一些子标签，用于指定项目的发布方式、仓库地址等信息。

要解决这个错误，你可以检查以下几点：
1. 确保<distributionManagement>标签的位置正确，它应该在<project>标签的内部。
2. 检查<distributionManagement>标签是否正确拼写，并且没有其他字符或空格。
3. 确保<distributionManagement>标签的子标签都是合法的，并且没有拼写错误。

如果你能提供更多的上下文或代码片段，我可以给出更具体的帮助。

报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output-phasing hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : unrecognised option '--output-phasing'

抱歉，我的前面回答有误。根据你的新报错信息，看起来ShapeIt并不支持"--output-phasing"选项。可以尝试使用以下命令：

shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8

其中，"--output"选项指定输出的phase文件名，"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名，"--output-log"选项指定输出的日志文件名，"--thread"选项指定使用的线程数。请根据你的实际需求进行相应的修改。