用R语言做时间依赖性ROC曲线
时间: 2023-09-16 20:10:24 浏览: 164
多时间点生存ROC曲线_R语言绘制SCI图的输入文件及代码.rar
首先,我们需要准备数据。假设我们有一个二分类问题的数据集,其中包含时间戳和标签(0或1)列。我们可以使用以下代码读取数据集:
```r
data <- read.csv("data.csv")
```
接下来,我们需要将数据集按时间戳排序,并将其分成训练集和测试集。我们可以使用以下代码执行此操作:
```r
data <- data[order(data$time),] # 按时间戳排序
train <- data[1:800,] # 前800个样本作为训练集
test <- data[801:nrow(data),] # 后200个样本作为测试集
```
接下来,我们需要使用训练集训练分类器,并使用测试集计算时间依赖性ROC曲线。我们可以使用以下代码执行此操作:
```r
library(pROC)
# 训练分类器
model <- glm(label ~., data=train, family=binomial)
# 计算时间依赖性ROC曲线
roc_list <- vector("list", nrow(test))
for(i in 1:nrow(test)){
# 获取当前时间点之前的数据
temp <- data[1:i,]
# 训练分类器
temp_model <- glm(label ~., data=temp, family=binomial)
# 计算ROC曲线
roc_list[[i]] <- roc(test$label[i], predict(temp_model, newdata=test[i,]))
}
# 绘制时间依赖性ROC曲线
plot(roc_list[[1]], col="red", type="S", ylim=c(0,1), main="时间依赖性ROC曲线")
for(i in 2:nrow(test)){
lines(roc_list[[i]], col="red")
}
```
这段代码将训练一个逻辑回归分类器,并使用测试集计算时间依赖性ROC曲线。我们使用pROC包中的roc函数计算ROC曲线,并使用plot函数绘制时间依赖性ROC曲线。
最后,我们可以使用以下代码输出时间依赖性ROC曲线的AUC值:
```r
# 计算时间依赖性AUC值
auc_list <- sapply(roc_list, function(x) x$auc)
time_auc <- cummax(auc_list)
cat("时间依赖性AUC值:", max(time_auc), "\n")
```
这段代码使用sapply函数计算每个时间点的AUC值,并使用cummax函数计算时间依赖性AUC值。最后,我们使用cat函数输出时间依赖性AUC值。
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