RuntimeWarning: overflow encountered in scalar add M[i, j] += min_energy

这个警告通常表示你的代码中出现了数值溢出的情况。在这种情况下，添加的值超出了 Python 可以处理的最大值，导致出现了这个警告。

你可以尝试以下几种方式来解决这个问题：

1. 尝试使用更高精度的数据类型，例如使用 numpy 的 float128 类型，可以通过设置 dtype=np.float128 来实现。
2. 尝试对数据进行归一化处理，将数值缩放到合适的范围内。
3. 尝试使用更高效的算法或优化方法，减少计算过程中的数值溢出情况。

希望这些方法可以帮助你解决问题。