在4.1.3版本的R语言中建立加权有向ergm模型,参照分布项设置为泊松分布,对模型分别使用MH采样函数以及Gibbs采样函数下的MCMC算法进行参数估计,迭代1000次绘制迭代轨迹图、后验密度图
时间: 2024-02-05 17:12:17 浏览: 72
首先,需要安装并加载`ergm`包和`network`包:
```R
install.packages("ergm")
install.packages("network")
library(ergm)
library(network)
```
接着,我们使用`ergm()`函数建立加权有向ergm模型,并使用`summary()`函数查看模型的摘要信息:
```R
# 构建加权有向ergm模型
model <- ergm(weight ~ edges + mutual + nodecov("cov1") + nodecov("cov2"),
dist="poisson", control=control.ergm(seed=123))
# 查看模型的摘要信息
summary(model)
```
然后,我们可以使用MH采样函数和Gibbs采样函数对模型进行参数估计。这里我们分别设定迭代次数为1000次,并设置burn-in期为100次:
```R
# 设置MCMC算法参数
mcmc_mh <- MCMC(model, n=1000, method="MH", burnin=100, thin=1, seed=123)
mcmc_gibbs <- MCMC(model, n=1000, method="Gibbs", burnin=100, thin=1, seed=123)
# 运行MCMC算法
mcmc_mh <- mcmc(mcmc_mh)
mcmc_gibbs <- mcmc(mcmc_gibbs)
# 绘制迭代轨迹图
plot(mcmc_mh, main="MH Algorithm")
plot(mcmc_gibbs, main="Gibbs Algorithm")
# 绘制后验密度图
densplot(mcmc_mh, main="MH Algorithm")
densplot(mcmc_gibbs, main="Gibbs Algorithm")
```
这样就可以得到迭代轨迹图和后验密度图了。需要注意的是,迭代轨迹图可以帮助我们观察MCMC算法是否收敛,后验密度图可以帮助我们了解参数的后验分布情况。同时,需要注意的是,迭代次数和burn-in期的设置可能会影响到结果,需要根据具体情况进行调整。
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