rDock是对接后只产生一个对接构象吗
时间: 2024-04-08 08:36:27 浏览: 79
不,rDock在对接过程中通常会生成多个对接构象。默认情况下,rDock使用Monte Carlo随机搜索算法来探索化合物和蛋白质之间的相互作用,并生成多个可能的对接构象。
在rDock的默认设置中,你可以通过调整`-N`参数来指定所需的对接构象数量。例如,使用`-N 10`将生成10个对接构象。
生成的对接构象通常会根据评分函数进行排序,以选择最佳的构象。你可以使用`-p`参数来指定评分函数。rDock提供了多种评分函数选项,如ASP、PLP、SPL、ChemScore等。
需要注意的是,生成更多的对接构象会增加计算时间。你可以根据具体需求来选择适当的构象数量。
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