sorensen相异性指数在R语言中绘图

要在R语言中绘制Sorensen相异性指数图，可以使用“vegan”包来计算指数，并使用“ggplot2”包来绘制图形。

首先，安装和加载所需的包：

install.packages("vegan")
install.packages("ggplot2")
library(vegan)
library(ggplot2)

接下来，加载数据。这里使用了一个名为“dune”的数据集，它包含了在荷兰一片沙丘地区的20个样本中发现的16种植物物种的存在与缺失数据。

data(dune)

使用“vegdist”函数计算样本之间的Sorensen相异性指数。

sor_dist <- vegdist(dune, method = "bray")

现在，使用“hclust”函数构建一个聚类树，并使用“as.dendrogram”函数将其转换为可视化对象。

sor_tree <- hclust(sor_dist, method = "ward.D2")
sor_dendro <- as.dendrogram(sor_tree)

最后，使用“ggdendro”函数将聚类树与Sorensen相异性指数结合在一起，绘制出这个图形。

ggdendro::ggdendrogram(sor_dendro, theme_dendro = FALSE) + 
  theme(panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(), 
        axis.text.x = element_blank(), 
        axis.ticks.x = element_blank()) + 
  scale_y_reverse(expand = c(0.1, 0)) + 
  labs(y = "Sorensen distance")

这将绘制出一个聚类树，每个节点的高度表示样本之间的Sorensen相异性指数，越高表示相异性越大。