已经获取2个RNA的特征矩阵 ,每个矩阵维度是1307×48,一个矩阵是正样本数据标签为1 ,另一个矩阵是负样本数据标签为0 构建一个包含3层全连接层的深度神经网络,用该神经网络预测该数据是正样本还是负样本(用pytorch实现) 其中,70%为训练集,10%为验证集,20%的数据为测试集

时间: 2024-03-06 19:51:50 浏览: 23
以下是使用PyTorch实现的代码,包括数据预处理、构建神经网络模型、训练模型、评估模型等步骤: ```python import torch import torch.nn as nn import torch.optim as optim from torch.utils.data import TensorDataset, DataLoader from sklearn.model_selection import train_test_split # 加载数据 data1 = torch.load('data1.pt') data2 = torch.load('data2.pt') label1 = torch.ones(data1.shape[0], 1) # 正样本标签为1 label2 = torch.zeros(data2.shape[0], 1) # 负样本标签为0 data = torch.cat((data1, data2), dim=0) # 拼接数据 label = torch.cat((label1, label2), dim=0) # 拼接标签 # 划分训练集、验证集、测试集 X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(data, label, test_size=0.2, random_state=42) X_train, X_val, y_train, y_val = train_test_split(X_train, y_train, test_size=0.125, random_state=42) # 转换为TensorDataset train_data = TensorDataset(X_train, y_train) val_data = TensorDataset(X_val, y_val) test_data = TensorDataset(X_test, y_test) # 构建DataLoader train_loader = DataLoader(train_data, batch_size=32, shuffle=True) val_loader = DataLoader(val_data, batch_size=32, shuffle=True) test_loader = DataLoader(test_data, batch_size=32, shuffle=True) # 定义神经网络模型 class Net(nn.Module): def __init__(self): super(Net, self).__init__() self.fc1 = nn.Linear(1307*48, 256) # 输入层 self.fc2 = nn.Linear(256, 64) # 隐藏层 self.fc3 = nn.Linear(64, 1) # 输出层 self.relu = nn.ReLU() # 激活函数 def forward(self, x): x = x.view(-1, 1307*48) # 展开数据 x = self.relu(self.fc1(x)) # 输入层 x = self.relu(self.fc2(x)) # 隐藏层 x = self.fc3(x) # 输出层 return x # 实例化模型、损失函数、优化器 model = Net() criterion = nn.BCEWithLogitsLoss() optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=0.001) # 训练模型 for epoch in range(50): train_loss = 0.0 val_loss = 0.0 # 训练模式 model.train() for data, label in train_loader: optimizer.zero_grad() output = model(data) loss = criterion(output, label) loss.backward() optimizer.step() train_loss += loss.item()*data.size(0) train_loss /= len(train_loader.dataset) # 验证模式 model.eval() for data, label in val_loader: with torch.no_grad(): output = model(data) loss = criterion(output, label) val_loss += loss.item()*data.size(0) val_loss /= len(val_loader.dataset) print('Epoch: {}, Training Loss: {:.4f}, Validation Loss: {:.4f}'.format(epoch+1, train_loss, val_loss)) # 测试模型 model.eval() with torch.no_grad(): test_loss = 0.0 correct = 0 total = 0 for data, label in test_loader: output = model(data) loss = criterion(output, label) test_loss += loss.item()*data.size(0) pred = torch.round(torch.sigmoid(output)) correct += (pred == label).sum().item() total += label.size(0) test_loss /= len(test_loader.dataset) accuracy = correct/total print('Test Loss: {:.4f}, Accuracy: {:.4f}'.format(test_loss, accuracy)) ``` 注:本代码仅供参考,具体实现方式可能因数据集和任务需求而异。

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