怎么使用pubmlst网站做cgmlst进化树

要使用PubMLST网站构建cgMLST进化树，您需要执行以下步骤：

1.访问PubMLST网站（https://pubmlst.org/）并创建一个帐户。

2.选择您感兴趣的微生物菌株，并下载其cgMLST的数据。

3.使用在线工具如Gingr （https://github.com/gingr-browser/gingr）或Phyloviz（http://www.phyloviz.net/）进行基于cgMLST数据的进化树构建。在这些工具中，您可以上传您的数据，定义进化树的参数，并进行可视化和分析。

4.在构建完成后，您可以使用这些工具导出进化树并在您的研究中使用。

请注意，这只是cgMLST进化树构建的一般步骤，具体步骤可能会因软件和数据集而有所不同。您可能需要查看软件文档以获取更详细的指导。

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怎么使用pubmlst网站分析cgmlst并下载结果做进化树

以下是使用 PubMLST 网站分析 cgMLST 并下载结果以制作进化树的步骤：

1. 打开 PubMLST 网站（https://pubmlst.org/）并选择你要分析的物种。

2. 选择 "cgMLST" 选项卡，并选择 "cgMLST Schema" 列表中的一个模式。

3. 在 "Perform analysis" 部分输入你的序列数据。

4. 点击 "Submit analysis" 按钮开始分析。

5. 分析完成后，你可以在 "Download results" 部分下载分析结果。

6. 下载 "allele calls" 文件，并将其转换为适合制作进化树的格式。

7. 使用适当的进化树软件（如MEGA或PHYLIP）制作进化树。

注意：在进行cgMLST分析之前，你需要使用合适的软件对序列数据进行质量控制和去除低质量序列。

怎么使用pubmlst网站分析ccgmlst并下载结果做进化树

下面是使用 pubmlst 网站分析 ccgmlst 并下载结果做进化树的步骤：

1. 打开 pubmlst 网站（https://pubmlst.org/），选择菜单栏中的 "Databases"，在下拉菜单中选择 "C. difficile"。

2. 在 "C. difficile" 数据库页面中，选择 "Start a new analysis" 进入分析页面。

3. 在分析页面中，选择 "ccgmlst" 作为分析工具。输入菌株的信息，包括 "Strain name"、"Sequence type (ST)"、"MLST alleles" 和 "ccgmlst alleles"。

4. 在输入信息后，点击 "Submit" 按钮。pubmlst 网站将会对输入的信息进行分析，并生成一个结果页面。

5. 在结果页面中，选择 "Download" 按钮，将分析结果下载到本地计算机。

6. 使用分析软件，例如 MEGA X、PhyML 或 RAxML，将下载的结果文件导入，生成进化树。

7. 根据进化树的结果，可以对菌株进行分类和进化分析。

需要注意的是，pubmlst 网站提供了多个数据库和分析工具，可以根据具体需要选择相应的工具进行分析。同时，进化树的生成也可以使用其他软件，如IQ-TREE、MrBayes等。