data.append(line.strip().split())代码什么意思
时间: 2024-04-28 15:22:53 浏览: 13
这行代码的作用是将字符串 `line` 去除首尾空白字符后,按照空格分割为一个字符串列表,并将该列表添加到名为 `data` 的列表中。
具体来说,`strip()` 方法可以去除字符串首尾的空格、制表符、换行符等空白字符,`split()` 方法默认按照空格分割字符串,并返回包含分割后各个子字符串的列表。因此,`line.strip().split()` 的返回结果是一个字符串列表,表示原始字符串经过去除首尾空白字符及按照空格分割后得到的结果。这个列表会被添加到 `data` 列表中,以便后续处理。
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# -*- coding: utf-8 -*- import os import matplotlib.pyplot as plt import sys def extract_data(rbp_name): data = [] subfolders = ['lncRNA', 'miRNA', 'mRNA', 'snoRNA', 'snRNA', 'tRNA'] for subfolder in subfolders: folder_path = os.path.join(rbp_name, subfolder, '3.normalization') ctrl_file = os.path.join(folder_path, f'Ctrl_{subfolder}_rpm.txt') rep1_file = os.path.join(folder_path, f'rep1_{subfolder}_rpm.txt') rep2_file = os.path.join(folder_path, f'rep2_{subfolder}_rpm.txt') ctrl_data = [] rep1_data = [] rep2_data = [] with open(ctrl_file, 'r') as f: for line in f: ctrl_data.append(line.strip().split('\t')[1]) with open(rep1_file, 'r') as f: for line in f: rep1_data.append(line.strip().split('\t')[1]) with open(rep2_file, 'r') as f: for line in f: rep2_data.append(line.strip().split('\t')[1]) data.append(ctrl_data) data.append(rep1_data) data.append(rep2_data) return data def create_boxplot(rbp_name, data): fig, ax = plt.subplots() ax.boxplot(data) subfolders = ['lncRNA', 'miRNA', 'mRNA', 'snoRNA', 'snRNA', 'tRNA'] x_labels = [f'Ctrl_{subfolder}', f'rep1_{subfolder}', f'rep2_{subfolder}'] * len(subfolders) ax.set_xticklabels(x_labels, rotation=45) plt.savefig(os.path.join(rbp_name, f'{rbp_name}_boxplot.pdf')) plt.close() rbp_name = sys.argv[1] # 提取数据 data = extract_data(rbp_name) # 创建箱线图 create_boxplot(rbp_name, data) 请对其进行优化
为了优化这段代码,有几个方面可以考虑:
1. 减少文件读写操作:在 `extract_data` 函数中,每个文件都会被打开和读取三次。可以考虑在打开文件后,将所有数据一次性读取,并存储在一个列表中,以减少文件读写操作。
2. 使用列表推导式:在 `extract_data` 函数中,可以使用列表推导式来简化代码,减少重复的代码行数。
3. 将绘图部分与数据处理部分分离:将数据处理和绘图的功能拆分为两个独立的函数,这样可以提高代码的可读性和可维护性。
下面是优化后的代码示例:
```python
import os
import matplotlib.pyplot as plt
import sys
def extract_data(rbp_name):
data = []
subfolders = ['lncRNA', 'miRNA', 'mRNA', 'snoRNA', 'snRNA', 'tRNA']
for subfolder in subfolders:
folder_path = os.path.join(rbp_name, subfolder, '3.normalization')
ctrl_file = os.path.join(folder_path, f'Ctrl_{subfolder}_rpm.txt')
rep1_file = os.path.join(folder_path, f'rep1_{subfolder}_rpm.txt')
rep2_file = os.path.join(folder_path, f'rep2_{subfolder}_rpm.txt')
with open(ctrl_file, 'r') as f:
ctrl_data = [line.strip().split('\t')[1] for line in f]
with open(rep1_file, 'r') as f:
rep1_data = [line.strip().split('\t')[1] for line in f]
with open(rep2_file, 'r') as f:
rep2_data = [line.strip().split('\t')[1] for line in f]
data.append(ctrl_data)
data.append(rep1_data)
data.append(rep2_data)
return data
def create_boxplot(rbp_name, data):
fig, ax = plt.subplots()
ax.boxplot(data)
subfolders = ['lncRNA', 'miRNA', 'mRNA', 'snoRNA', 'snRNA', 'tRNA']
x_labels = [f'Ctrl_{subfolder}', f'rep1_{subfolder}', f'rep2_{subfolder}'] * len(subfolders)
ax.set_xticklabels(x_labels, rotation=45)
plt.savefig(os.path.join(rbp_name, f'{rbp_name}_boxplot.pdf'))
plt.close()
if __name__ == "__main__":
rbp_name = sys.argv[1]
# 提取数据
data = extract_data(rbp_name)
# 创建箱线图
create_boxplot(rbp_name, data)
```
这样,代码更加简洁,同时减少了文件读写操作,提高了效率。
给我讲一下这串代码的意思,data=[] fr=open('ticdata.txt') for line in fr.readlines(): line=line.strip() data_line=line.split('\t') data.append(data_line) print(data[0]) fr.close() print('-'*70)
这段代码的意思是:首先定义一个空列表 data=[],然后打开一个名为 ticdata.txt 的文件,使用 for 循环逐行读取文件中的内容,对每一行进行去除首尾空格的处理,然后使用制表符 '\t' 将每行内容分割成一个列表 data_line,将该列表添加到 data 列表中。最后打印出 data 列表中的第一个元素,关闭文件,打印一条分割线。