用ucsc:在mouse mm10基因组中,以NCBI RefSeq基因注释为准,基因Zc3h18包括几个转录本?在第几个外显子上存在exon skipping的选择性剪接现象?,叙述操作步骤
时间: 2024-06-09 21:07:46 浏览: 9
在UCSC Genome Browser中,按照以下步骤进行操作:
1. 打开UCSC Genome Browser网站:https://genome.ucsc.edu/
2. 点击页面左上方的"Genomes",选择"Mouse (mm10)"作为基因组。
3. 点击页面左侧的"Tools",选择"Table Browser"。
4. 在"Table"选项卡中,选择"NCBI RefSeq"作为数据集,并选择"refGene"作为表格。
5. 在"Region"选项卡中,输入"Zc3h18"作为基因名,并选择"gene"作为表格。
6. 在"Output"选项卡中,选择"exons"作为输出项,并勾选"exonStarts"和"exonEnds"。
7. 点击"get output"按钮,将获得Zc3h18基因的所有转录本及其外显子信息。
8. 找到Zc3h18基因的所有转录本,并查看它们的外显子信息。
9. 找到存在exon skipping的选择性剪接现象的外显子,并记录它在基因的第几个外显子上。
相关问题
用ucsc:在mouse mm10基因组中,以NCBI RefSeq基因注释为准,在chr8:122451619-122551999区间中包含几个基因?各个基因转录方向是怎样的?各个基因包含几个转录本?
可以使用UCSC的基因组浏览器进行查询和分析。
1. 首先进入UCSC基因组浏览器(https://genome.ucsc.edu/)。
2. 在搜索栏中选择“Mouse (mm10)”作为基因组版本,输入“chr8:122451619-122551999”作为搜索区间,点击“go”。
3. 在搜索结果页面中,点击“Genes”选项卡,选择“NCBI RefSeq”作为基因注释来源,点击“refresh tracks”更新结果。
4. 查看结果页面中的基因注释信息,可以发现该区间中包含3个基因,分别是:C8orf31、Ttc8、和Nrg1。它们的转录方向如下:
- C8orf31:转录方向为“-”(即反向链)
- Ttc8:转录方向为“-”
- Nrg1:转录方向为“+”(即正向链)
5. 点击每个基因的名称,可以进入该基因的详细注释页面。在该页面中,可以查看该基因包含的转录本数目。根据NCBI RefSeq注释,这些基因的转录本数目如下:
- C8orf31:包含1个转录本
- Ttc8:包含2个转录本
- Nrg1:包含6个转录本
因此,该区间中共包含9个转录本。
人类基因组注释文件下载
您可以从以下几个资源下载人类基因组注释文件:
1. Ensembl数据库:Ensembl提供了广泛的人类基因组注释信息,包括基因位置、外显子结构、蛋白质编码区域等。您可以访问Ensembl网站(https://www.ensembl.org/)并选择相应的版本进行下载。
2. UCSC基因组浏览器:UCSC提供了人类基因组的详细注释信息,包括基因、转录本、启动子、CpG岛等。您可以访问UCSC基因组浏览器网站(https://genome.ucsc.edu/)选择相应的版本,并通过其下载功能获取注释文件。
3. NCBI数据库:NCBI提供了人类基因组注释的多种资源,包括RefSeq注释、基因组序列、转录组数据等。您可以访问NCBI网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)并选择相应的工具和数据库来下载您需要的注释文件。
请注意,不同的注释文件可能有不同的格式和内容,具体取决于您需要的注释类型和版本。建议根据您的研究需求选择合适的资源和版本进行下载。