astro.all=astro(node.gwas,as.data.frame(string),all.nodes=T) Error in page_rank(net.clean, personalized = as.numeric(node.gwas[, "padj"]), : At core/centrality/prpack.cpp:95 : The sum of the elements in the reset vector must not be zero. Invalid value
时间: 2024-04-10 15:32:05 浏览: 12
这个错误信息是由于在计算网络的PageRank时,重置向量的元素和为零导致的无效值。重置向量是用来指定初始排名的向量,它的元素和必须不为零。
要解决这个问题,你可以检查一下你提供的参数,特别是`node.gwas`和`as.data.frame(string)`。确保它们的值和格式正确,并且不会导致重置向量的元素和为零。
另外,你还可以尝试使用其他合适的参数或调整现有参数,以确保计算PageRank时不会出现无效值的情况。
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astro<-function(node.gwas,edge.string,all.nodes){ ##Diffusion net=graph_from_data_frame(d=edge.string,vertices=node.gwas,directed=F) E(net)$weight=as.numeric(as.character(edge.string[,"combined_score"])) net.clean=igraph::simplify(net, remove.loops = T, remove.multiple = T , edge.attr.comb = c(weight="max","ignore")) page.rank=page_rank(net.clean, personalized=as.numeric(node.gwas[,"padj"]), weights=E(net.clean)$weight) node.gwas=cbind(node.gwas,page.rank$vector) colnames(node.gwas)[ncol(node.gwas)]="page.rank" deg=igraph::degree(net.clean)
这段代码看起来是一个R语言函数,名为"astro"。它的作用可能是根据给定的节点、边的字符串和网络来进行扩散分析。
首先,函数通过使用"graph_from_data_frame"函数将边的字符串和节点数据转换为一个图对象"net"。然后,函数为图中的每条边设置权重,将边字符串中的"combined_score"转换为数字并赋给E(net)$weight。接下来,函数通过调用igraph包中的"simplify"函数简化图对象,移除环和多重边,并将权重属性设置为最大值。然后,函数使用"page_rank"函数计算图中节点的页面排名,并指定以node.gwas数据框中的"padj"列作为个性化向量,并使用边的权重进行加权计算。
最后,函数将计算得到的页面排名结果添加到node.gwas数据框中,并将该列的列名设置为"page.rank"。同时,函数还计算了图中节点的度数并赋给变量"deg"。
需要注意的是,这段代码可能还有其他部分被省略了。如果你需要更详细的帮助,请提供完整的代码或更多上下文信息。
.astro文件是什么文件
`.astro` 文件是 Astro 的组件文件,Astro 是一种现代的静态站点生成器,它使用 React 组件模型来创建静态网站。
在 Astro 中,一个 `.astro` 文件通常代表一个 React 组件,它可以包含 HTML、CSS、JavaScript 和其他资源。在 `.astro` 文件中,你可以使用 JSX 语法来编写组件代码,也可以使用 Astro 提供的一些特殊语法来控制组件的行为。
下面是一个简单的例子,演示了如何在 `.astro` 文件中定义一个组件:
```
---
import { Page } from 'components/Page';
---
<Page>
<h1>Hello, Astro!</h1>
<p>This is an example Astro component.</p>
</Page>
```
这个例子定义了一个组件,它包含一个 `<h1>` 元素和一个 `<p>` 元素,并使用了 Astro 提供的 `<Page>` 组件来设置页面的布局。`---` 标记表示组件的元数据,可以用来引入其他组件、设置页面标题等。