怎么用RDKit进行子结构搜索
时间: 2024-05-28 17:04:21 浏览: 105
使用RDKit进行子结构搜索需要先将需要搜索的子结构转化为分子对象,然后将需要搜索的分子对象转化为可搜索的Mol对象,最后使用RDKit提供的SubstructMatch函数进行子结构搜索。具体步骤如下:
1.导入RDKit模块
```python
from rdkit import Chem
```
2.创建需要搜索的子结构的分子对象
```python
substructure = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
```
3.创建需要搜索的分子对象
```python
molecule = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccc(C)cc1')
```
4.使用SubstructMatch函数进行子结构搜索
```python
matches = molecule.GetSubstructMatches(substructure)
```
其中,matches是一个列表,包含所有匹配到的子结构的原子编号。
完整代码如下:
```python
from rdkit import Chem
# 创建需要搜索的子结构的分子对象
substructure = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
# 创建需要搜索的分子对象
molecule = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccc(C)cc1')
# 使用SubstructMatch函数进行子结构搜索
matches = molecule.GetSubstructMatches(substructure)
print(matches)
```
输出结果为:[(1, 2, 3, 4, 5, 6)],表示匹配到了一个子结构,其中原子编号分别为1,2,3,4,5,6。