r语言导出GO富集分析的文本信息
时间: 2024-05-13 10:13:27 浏览: 297
在R语言中,可以使用`write.table`函数将GO富集分析的结果导出为文本文件。具体步骤如下:
1. 安装并加载`clusterProfiler`包和`org.Hs.eg.db`包(或其他物种的数据库包):
```r
install.packages("clusterProfiler")
install.packages("org.Hs.eg.db") # 以人类基因组为例
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
```
2. 运行GO富集分析,并将结果保存为变量`enrich_res`:
```r
data(geneList)
gene <- names(geneList)
ego <- enrichGO(gene = gene,
OrgDb = org.Hs.eg.db,
keyType = "SYMBOL",
ont = "BP",
pAdjustMethod = "BH",
qvalueCutoff = 0.05,
universe = NULL,
minGSSize = 10,
maxGSSize = 500,
readable = TRUE)
enrich_res <- as.data.frame(summary(ego))
```
3. 使用`write.table`函数将结果导出为文本文件:
```r
write.table(enrich_res, file = "enrichment_results.txt", sep = "\t", quote = FALSE, row.names = TRUE)
```
其中,`enrich_res`为要导出的结果变量,`file`为导出的文件名(可以自定义),`sep`为分隔符(这里使用制表符`\t`),`quote`为是否需要对文本加引号(这里设为不需要),`row.names`为是否需要导出行名(这里设为需要)。
导出的文本文件可以用Excel等软件打开和处理。
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