gwas脚本

GWAS（全基因组关联分析）是一种用于研究基因与表型之间关系的方法。在进行GWAS之前，需要进行数据清洗、质控、基因型分型和表型数据收集等工作。在数据准备好后，可以使用一些开源软件和脚本进行GWAS分析，如PLINK、GEMMA、EIGENSOFT等。

以下是一个基于PLINK软件的GWAS分析脚本示例：

# 数据清洗和质控
plink --file mydata --geno 0.05 --maf 0.01 --hwe 1e-6 --mind 0.05 --out mydata_filtered

# 进行基因型和表型数据的关联分析
plink --file mydata_filtered --assoc --adjust --out mydata_assoc

# 进行基因型和表型数据的线性回归分析
plink --file mydata_filtered --linear --pheno myphenotype.txt --covar mycovariate.txt --out mydata_linear

# 进行基因型和表型数据的logistic回归分析
plink --file mydata_filtered --logistic --pheno myphenotype.txt --covar mycovariate.txt --out mydata_logistic

以上脚本中，`mydata`是输入的原始数据，`mydata_filtered`是清洗和质控后的数据，`mydata_assoc`是进行关联分析后的结果，`mydata_linear`和`mydata_logistic`分别是进行线性回归和logistic回归分析后的结果。在运行脚本前需要保证PLINK软件已经安装并配置好环境变量。