require genotypesin vcf file in order to output asplink
时间: 2023-03-25 11:03:29 浏览: 138
我可以回答这个问题。要在 asplink 中输出基因型,需要在 VCF 文件中包含基因型信息。如果 VCF 文件中没有基因型信息,asplink 将无法输出基因型。因此,在使用 asplink 之前,需要确保 VCF 文件中包含基因型信息。
相关问题
require genotypes in vcf file in order to output as plink
我可以回答这个问题。要将 VCF 文件输出为 plink 格式,需要在 VCF 文件中包含基因型信息。基因型信息可以通过使用基因分型工具来生成,并将其添加到 VCF 文件中。然后,您可以使用 plink 工具将 VCF 文件转换为 plink 格式。
Unable to identify a reader for this file
如果你使用 PHPExcel 读取 Excel 文件时遇到 "Unable to identify a reader for this file" 错误,可能是因为你没有安装对应的 PHPExcel Reader。
在 PHPExcel 中,不同的 Excel 文件类型需要使用不同的 Reader 来读取,例如:
- Excel5:读取 Excel 97-2003 文件(.xls)
- Excel2007:读取 Excel 2007+ 文件(.xlsx)
- CSV:读取 CSV 文件
如果你需要读取 Excel 97-2003 文件,需要使用 Excel5 Reader,代码如下:
```
require_once 'PHPExcel/Classes/PHPExcel.php';
require_once 'PHPExcel/Classes/PHPExcel/Reader/Excel5.php';
// 创建一个新的 Excel5 Reader 对象
$objReader = new PHPExcel_Reader_Excel5();
// 加载 Excel 文件
$objPHPExcel = $objReader->load("example.xls");
// 获取第一个工作表
$worksheet = $objPHPExcel->getActiveSheet();
// 获取总行数和总列数
$highestRow = $worksheet->getHighestRow();
$highestColumn = $worksheet->getHighestColumn();
// 循环读取每行数据
for ($row = 1; $row <= $highestRow; $row++){
// 循环读取每列数据
for ($col = 'A'; $col <= $highestColumn; $col++) {
$value = $worksheet->getCell($col . $row)->getValue();
echo $value . "\t";
}
echo "\n";
}
```
如果你需要读取 Excel 2007+ 文件,需要使用 Excel2007 Reader,代码如下:
```
require_once 'PHPExcel/Classes/PHPExcel.php';
require_once 'PHPExcel/Classes/PHPExcel/Reader/Excel2007.php';
// 创建一个新的 Excel2007 Reader 对象
$objReader = new PHPExcel_Reader_Excel2007();
// 加载 Excel 文件
$objPHPExcel = $objReader->load("example.xlsx");
// 获取第一个工作表
$worksheet = $objPHPExcel->getActiveSheet();
// 获取总行数和总列数
$highestRow = $worksheet->getHighestRow();
$highestColumn = $worksheet->getHighestColumn();
// 循环读取每行数据
for ($row = 1; $row <= $highestRow; $row++){
// 循环读取每列数据
for ($col = 'A'; $col <= $highestColumn; $col++) {
$value = $worksheet->getCell($col . $row)->getValue();
echo $value . "\t";
}
echo "\n";
}
```
如果你需要读取 CSV 文件,需要使用 CSV Reader,代码如下:
```
require_once 'PHPExcel/Classes/PHPExcel.php';
require_once 'PHPExcel/Classes/PHPExcel/Reader/CSV.php';
// 创建一个新的 CSV Reader 对象
$objReader = new PHPExcel_Reader_CSV();
// 加载 CSV 文件
$objPHPExcel = $objReader->load("example.csv");
// 获取第一个工作表
$worksheet = $objPHPExcel->getActiveSheet();
// 获取总行数和总列数
$highestRow = $worksheet->getHighestRow();
$highestColumn = $worksheet->getHighestColumn();
// 循环读取每行数据
for ($row = 1; $row <= $highestRow; $row++){
// 循环读取每列数据
for ($col = 'A'; $col <= $highestColumn; $col++) {
$value = $worksheet->getCell($col . $row)->getValue();
echo $value . "\t";
}
echo "\n";
}
```
以上代码中,需要根据需要使用不同的 Reader,然后使用对应的 load 方法加载文件即可。