barrnap对细菌的详细使用示例
时间: 2023-07-31 19:06:21 浏览: 101
以下是更详细的Barrnap使用示例,包括使用选项和解释结果:
1. 安装Barrnap:
```
sudo apt-get install barrnap
```
2. 准备细菌基因组数据(FASTA格式), 假设文件名为"genome.fasta"。
3. 运行Barrnap并指定输入文件和输出文件名:
```
barrnap --kingdom bacteria --threads 4 genome.fasta > rRNA.gff
```
这将使用4个线程对基因组进行预测,并将结果输出到名为"rRNA.gff"的GFF格式文件中。注意,这里使用了"--kingdom"选项来指定细菌的分类信息。
4. 查看输出文件:
可以使用文本编辑器或GFF文件查看器来查看输出文件。以下是一个示例输出文件的部分内容:
```
##gff-version 3
##sequence-region genome 1 10000
genome Barrnap rRNA 1 1500 . + . ID=rna0;Name=16S_rRNA
genome Barrnap rRNA 2001 3000 . + . ID=rna1;Name=23S_rRNA
genome Barrnap rRNA 4001 4500 . + . ID=rna2;Name=5S_rRNA
```
输出文件中每一行表示一个预测的rRNA基因,包括基因的起始位置、终止位置、方向和名称等信息。
Barrnap还支持其他选项,例如"--evalue"用于指定BLAST比对的E值阈值,"--reject_greedy"用于在存在重叠的rRNA基因时排除贪心算法预测的基因等。可以使用"--help"选项查看完整的选项列表和说明。