plot(lgdata[,2],lgdata[,3]) Error in `[.default`(lgdata, , 3) : subscript out of bounds

这个错误提示的意思是你访问了一个数组或矩阵中不存在的行或列。在你的代码中，`lgdata`可能不是一个包含三列的矩阵或数据框，所以当你尝试访问第三列时，就出现了这个错误。

你可以通过打印`lgdata`来检查它的维度和内容是否符合你的预期。例如，如果你想要访问第二列和第三列，你可以使用以下代码：

# 打印lgdata的维度和前几行数据
dim(lgdata)
head(lgdata)

# 绘制第二列和第三列的散点图
plot(lgdata[, 2], lgdata[, 3])

这样可以帮助你确定`lgdata`是否包含了你需要的列，并且可以避免访问不存在的行或列而导致的错误。如果问题仍然存在，请检查你的数据集是否存在缺失值或其他异常值，这些也可能导致类似的错误。