seq_alignment(sequences = hit_sequences) seq_alignment = function(sequences) { shell("del /f my_needle_file") for (i in 1:length(sequences[,1])) { cat(as.character(paste(">", as.vector(sequences[i,1]), sep="")), as.character(as.vector(sequences[i,6])), file = "file1", sep = "\n") for(j in 1:length(sequences[,1])) { cat(as.character(paste(">", as.vector(sequences[i,1]), sep="")), as.character(as.vector(sequences[i,6])), file = "file2", sep = "\n") shell("needle file1 file2 stdout -gapopen 10.0 -gapextend 0.5 >> my_needle_file") } } 输出乱码文件

这段代码的作用是对一组序列进行 Needleman-Wunsch 全局比对，并将比对结果输出到一个乱码文件中。其中，输入的序列信息存储在 sequences 变量中，每行包含了序列的 ID（第一列）和序列本身（第六列）。在函数中，首先删除之前可能存在的名为 "my_needle_file" 的文件，然后对每个序列两两进行比对，并将比对结果追加到 "my_needle_file" 文件中。但是，由于比对结果是直接输出到文件而不是变量中，所以函数输出的是乱码文件而不是比对结果。