output = crd.runradial(datfilename, comx, comy, comz, Lx, Ly, Lz, Lx2, Ly2, Lz2, output, nummoltype, moltypel, moltype,RDF_Timesteps, ver,RDF_maxr,RDF_binsize) output = gcn.calccoordinationnumber(output, nummoltype, moltypel, V)解释一下代码
时间: 2023-08-01 10:09:42 浏览: 283
这段代码主要是计算分子动力学模拟中的径向分布函数(RDF)和配位数(CN)。
其中,`crd.runradial` 函数用于计算 RDF,其参数包括:
- `datfilename`:包含分子结构数据的 LAMMPS 数据文件名。
- `comx`、`comy`、`comz`:体系的质心坐标。
- `Lx`、`Ly`、`Lz`:体系的盒子尺寸。
- `Lx2`、`Ly2`、`Lz2`:体系的盒子尺寸的一半。
- `output`:一个 Python 字典,用于保存 RDF 计算结果。
- `nummoltype`:体系中不同分子类型的数量。
- `moltypel`:一个 Python 列表,用于保存每个分子类型的原子数。
- `moltype`:一个 Python 列表,用于保存每个分子类型的名称。
- `RDF_Timesteps`:计算 RDF 的时间步数。
- `ver`:RDF 的版本号。
- `RDF_maxr`:RDF 的最大半径。
- `RDF_binsize`:RDF 的径向间隔。
`crd.runradial` 函数会返回一个 Python 字典,其中包含了计算得到的 RDF 数据。
`gcn.calccoordinationnumber` 函数用于计算配位数,其参数包括:
- `output`:包含 RDF 数据的 Python 字典。
- `nummoltype`:体系中不同分子类型的数量。
- `moltypel`:一个 Python 列表,用于保存每个分子类型的原子数。
- `V`:体系的体积。
`gcn.calccoordinationnumber` 函数会修改 `output` 字典中的数据,将计算得到的配位数保存到字典中。
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