已知15组样本的log2(cpm+1), 每组5-6个生物学重复,样本表达矩阵和分组信息分别保存在2个txt中,计算样本的斯皮尔曼相关系数R语言代码
时间: 2024-03-07 17:47:19 浏览: 122
假设样本表达矩阵保存在"expr_matrix.txt"文件中,分组信息保存在"group_info.txt"文件中,可以使用以下R语言代码计算样本的斯皮尔曼相关系数:
```R
# 读取样本表达矩阵和分组信息
expr_matrix <- read.table("expr_matrix.txt", header = TRUE, row.names = 1)
group_info <- read.table("group_info.txt", header = TRUE)
# 计算斯皮尔曼相关系数
corr_matrix <- cor(expr_matrix, method = "spearman")
# 打印斯皮尔曼相关系数矩阵
print(corr_matrix)
```
其中,`cor`函数用于计算相关系数,`method`参数设置为"spearman"表示计算斯皮尔曼相关系数。打印出的`corr_matrix`矩阵即为样本的斯皮尔曼相关系数矩阵。
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