# 配置SNaQ主要环境 conda install -c conda-forge mamba conda create -n phylo python=3.8 conda activate phylo mamba install -c bioconda -c conda-forge raxml julia ## julia install_julia.jl wget http://pages.stat.wisc.edu/~ane/bucky/v1.4/bucky-1.4.4.tgz tar -zxvf bucky-1.4.4.tgz cd bucky-1.4.4/src make mv bucky ~/miniconda3/envs/phylo/bin/ mv mbsum ~/miniconda3/envs/phylo/bin/ cd ../.. wget http://research.haifa.ac.il/~ssagi/software/QMCN.tar.gz tar -zxvf QMCN.tar.gz mv find-cut-Linux-64 ~/miniconda3/envs/phylo/bin/find-cut-Linux-64 mv genTreeAndQuartets-Linux-64 ~/miniconda3/envs/phylo/bin/genTreeAndQuartets-Linux-64 mv quartet-agreement-Linux-64 ~/miniconda3/envs/phylo/bin/quartet-agreement-Linux-64 wget https://codeload.github.com/nstenz/TICR/zip/refs/heads/master unzip TICR-master.zip cd TICR-master/src make mv mdl ~/miniconda3/envs/phylo/bin/ cd ../.. conda deactivate # 配置mrbayes环境 ## 安装beagle提高运算效率 wget https://github.com/beagle-dev/beagle-lib/archive/refs/tags/v3.1.2.tar.gz tar -zxvf beagle-lib-3.1.2.tar.gz cd beagle-lib-3.1.2 ./autogen.sh ./configure --prefix=/usr make -j4 make install ## 安装mrbayes wget https://github.com/NBISweden/MrBayes/releases/download/v3.2.7/mrbayes-3.2.7.tar.gz tar -zxvf mrbayes-3.2.7.tar.gz cd mrbayes-3.2.7/ ./configure --prefix=/usr # mrbayes和beagle安装的位置必须能通过用户.bashrc直接调用，后续SNaQ的脚本批量执行时不能调用conda环境 make -j4 make install

这段代码是一段 Bash 脚本，用于配置 SNaQ 和 mrbayes 环境。其中，SNaQ 是一个用于基于序列数据估计物种树的软件包，mrbayes 是一个用于基于贝叶斯方法估计物种树的软件。

首先，使用 conda 安装 mamba，并创建一个名为 phylo 的虚拟环境，并在该环境中安装 RaxML 和 Julia。然后，下载并安装 BUCKy 和 QMCN 软件包，将安装后的可执行文件移动到环境变量 PATH 中。接着，退出 phylo 虚拟环境。

然后，配置 mrbayes 环境。首先，下载并安装 BEAGLE 库，用于提高 mrbayes 运算效率。然后，下载并编译安装 mrbayes。需要注意的是，mrbayes 和 BEAGLE 库安装的位置必须能通过用户的 .bashrc 直接调用，这样才能保证后续 SNaQ 的脚本批量执行时能够调用这些软件包。

需要注意的是，这段代码中涉及的软件包版本和安装方式可能已经过时，如果要在实际应用中使用，需要根据具体情况进行修改和更新。同时，这段代码中涉及的软件包都需要具备一定的使用经验和相关知识才能正确配置和使用。