EOF marker is absent. The input is probably truncated. [bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file). zsh: segmentation fault samtools sort -o '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/sorted.bam' out.bam
时间: 2024-03-24 22:40:37 浏览: 122
MFC-file-read.rar_file read MFC_file.read mfc_mfc file_mfc文件
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这个错误通常是因为输入的文件不是正确的BAM格式文件,或者文件已经损坏,导致无法解析BAM头部信息。建议您检查一下输入的文件是否正确,并确保文件完整无损。您可以尝试重新下载或者重新生成输入文件,然后再次运行samtools sort命令进行排序。
另外,也可以尝试使用samtools view命令查看一下输入文件的内容,以确认文件是否正确。例如,可以使用以下命令查看输入文件的前10行:
```
samtools view -h out.bam | head -n 10
```
如果该命令可以正常执行并输出前10行内容,则说明输入文件格式正确,否则可能是输入文件有问题。
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