-r和-h这两个参数加不加有什么区别?
时间: 2024-04-23 20:24:24 浏览: 5
`-r` 和 `-h` 是 samtools 中用于合并 BAM 文件时的两个不同的参数。它们的区别如下:
- `-r`:在合并时保留参考序列的名称和长度。这意味着输出的 BAM 文件将包含参考序列的头信息,这对于在多个 BAM 文件中使用相同的参考序列时非常有用。如果不指定 `-r` 参数,则输出的 BAM 文件将不包含参考序列的头信息。
- `-h`:在输出的 BAM 文件中包含输入 BAM 文件的头信息。如果不指定 `-h` 参数,则输出的 BAM 文件将不包含输入 BAM 文件的头信息。这意味着输出的 BAM 文件将失去输入 BAM 文件的元数据,例如样本名称、测序平台、测序日期等。
因此,如果您希望输出的 BAM 文件包含参考序列的头信息并保留输入 BAM 文件的元数据,那么您应该同时使用 `-r` 和 `-h` 参数。例如:
`samtools merge -r -h input1.bam input2.bam output.bam`
这将合并 `input1.bam` 和 `input2.bam` 两个 BAM 文件,并将参考序列的头信息和输入 BAM 文件的元数据保存到输出的 `output.bam` 文件中。
相关问题
说简单点,正常情况加不加这两个参数?
正常情况下,如果您只是简单地将多个 BAM 文件合并成一个并不需要保留参考序列的头信息和输入 BAM 文件的元数据,那么您不需要使用 `-r` 和 `-h` 参数。在这种情况下,输出的 BAM 文件将不包含参考序列的头信息和输入 BAM 文件的元数据。您只需要使用 `samtools merge` 命令来将 BAM 文件合并成一个即可,例如:
`samtools merge merged.bam input1.bam input2.bam`
这将合并 `input1.bam` 和 `input2.bam` 两个 BAM 文件,并将输出的 BAM 文件保存到 `merged.bam` 中。
linux shutdown -h和shutdown -r
shutdown -h命令用于在Linux系统上执行关机操作。'h'在这里表示'halt',它会安全地关闭所有进程并关闭系统。该命令需要root权限才能执行。当用户执行shutdown -h命令时,系统将给出一条警告通知所有登录用户系统即将关闭,并在一定的时间后执行关机操作。
shutdown -r命令用于在Linux系统上执行重启操作。'r'在这里表示'reboot',它会先安全地关闭所有进程,然后重新启动系统。该命令也需要root权限才能执行。当用户执行shutdown -r命令时,系统将给出一条警告通知所有登录用户系统即将重启,并在一定的时间后执行重启操作。
这两个命令都可以配合使用不同的参数来实现更多特定的操作。例如,使用参数'+n'可以延迟关机或重启的时间,指定关机或重启的时间。使用参数'now'可以立即关机或重启系统。
总而言之,使用shutdown -h命令可以安全地关闭系统,而使用shutdown -r命令可以安全地重新启动系统。这两个命令都需要root权限来执行,可以通过不同的参数来实现更多特定的操作。