将 sort 文件转换成bam 文件

要将 sort 文件转换成 bam 文件，可以使用 samtools 工具，具体步骤如下：

1. 安装 samtools 工具。

2. 打开终端，进入 sort 文件所在的目录。

3. 使用以下命令将 sort 文件转换成 bam 文件：

samtools view -bS sort_file.sam > bam_file.bam

其中，sort_file.sam 是 sort 文件的路径和文件名，bam_file.bam 是要生成的 bam 文件的路径和文件名。

4. 执行命令后，等待转换完成即可。转换完成后，可以使用 samtools 工具查看 bam 文件的信息，例如：

samtools view bam_file.bam | head

此命令将显示 bam 文件的前几行信息。

相关问题

samtools sort SRR35899${i}.bam -o SRR35899${i}_sorted.bam为什么输出的bam文件是乱码的

如果您使用了 `samtools sort` 命令，但是输出的BAM文件是乱码的，可能是因为您的终端不支持二进制文件的显示，或者是您在查看BAM文件时使用了错误的命令。

BAM文件是二进制文件，包含了大量的字节数据，因此在终端中直接查看BAM文件可能会导致乱码。如果您需要查看BAM文件的内容，可以使用samtools中的`samtools view`命令，该命令可以将BAM文件转换为文本格式输出。以下是使用`samtools view`命令查看BAM文件的示例命令：

samtools view SRR35899${i}_sorted.bam

如果您仍然遇到问题，请检查您的命令是否正确，或者尝试在其他终端中查看BAM文件。

在Xsheel 中 如何将sort 文件转为bw 文件

首先，需要使用samtools软件将sort文件转换为BAM格式文件，然后使用bedtools软件将BAM格式文件转换为bw格式文件。以下是具体步骤：

1. 将sort文件转换为BAM格式文件：

samtools view -Sb input_sort.bam > output.bam

其中，input_sort.bam为需要转换的sort文件，output.bam为输出的BAM格式文件。

2. 将BAM格式文件转换为bw格式文件：

bedtools genomecov -bg -split -ibam input.bam -g genome.txt > output.bedgraph
bedGraphToBigWig output.bedgraph genome.txt output.bw

其中，input.bam为需要转换的BAM格式文件，genome.txt为参考基因组的染色体长度文件，output.bedgraph为中间文件，output.bw为最终输出的bw格式文件。

注意：在使用bedtools时，需要保证输入的BAM文件和参考基因组的染色体长度文件是一致的。