--complexity_threshold参数是什么意思
时间: 2024-01-17 09:05:47 浏览: 28
--complexity_threshold是fastp中的一个参数,用于设置复杂度阈值,用于过滤低复杂度序列。复杂度是指序列中的不同k-mer数量。如果序列的复杂度低于指定的阈值,说明序列中存在大量重复的子序列,可能是PCR扩增、低质量序列或人工污染引起的,因此可以将这些序列过滤掉。--complexity_threshold的默认值是30,表示过滤掉复杂度低于30的序列。可以通过调整该值来适应不同的数据集和应用场景。
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代码解读,zaiwei_complexity=zaiwei.*complexity_fuzhinci; sum_zaiwei_complexity=sum(zaiwei_complexity,2); sum_zaiwei_geshu=sum(zaiwei,2); mean_zaiwei_complexity=sum_zaiwei_complexity./sum_zaiwei_geshu;product_num=ones(1,col); mean_zaiwei_complexity_fuzhinci=kron(mean_zaiwei_complexity,product_num); mean_zaiwei_complexity_fuzhinci_tiaoxunjinru=mean_zaiwei_complexity_fuzhinci.*jinru_tihuan;
这段代码的功能是计算一个名为“zaiwei”的矩阵与名为“complexity_fuzhinci”的矩阵的乘积,并将结果存储在名为“zaiwei_complexity”的矩阵中。然后,它计算“zaiwei_complexity”矩阵每行的总和,并将结果存储在名为“sum_zaiwei_complexity”的向量中。接下来,它计算“zaiwei”矩阵每行的总和,并将结果存储在名为“sum_zaiwei_geshu”的向量中。然后,它计算“mean_zaiwei_complexity”向量,该向量是“sum_zaiwei_complexity”向量除以“sum_zaiwei_geshu”向量得到的结果。接着,它创建一个名为“product_num”的向量,该向量的长度等于“col”的值,并且每个元素都是1。然后,它使用“kron”函数将“mean_zaiwei_complexity”向量和“product_num”向量的每个元素相乘,并将结果存储在名为“mean_zaiwei_complexity_fuzhinci”的向量中。最后,它将“mean_zaiwei_complexity_fuzhinci”向量与名为“jinru_tihuan”的矩阵的每个元素相乘,并将结果存储在名为“mean_zaiwei_complexity_fuzhinci_tiaoxunjinru”的向量中。
23:11:37 **** Incremental Build of configuration Debug for project STM32DRV2605L **** make -j12 all arm-none-eabi-gcc "../Core/Src/main.c" -mcpu=cortex-m0plus -std=gnu11 -g3 -DDEBUG -DUSE_HAL_DRIVER -DSTM32G030xx -c -I../Core/Inc -I../Drivers/STM32G0xx_HAL_Driver/Inc -I../Drivers/STM32G0xx_HAL_Driver/Inc/Legacy -I../Drivers/CMSIS/Device/ST/STM32G0xx/Include -I../Drivers/CMSIS/Include -I"Z:/Users/Y/STM32CubeIDE/workspace_1.12.0/STM32DRV2605L/Core/drv2666" -O0 -ffunction-sections -fdata-sections -Wall -fstack-usage -fcyclomatic-complexity -MMD -MP -MF"Core/Src/main.d" -MT"Core/Src/main.o" --specs=nano.specs -mfloat-abi=soft -mthumb -o "Core/Src/main.o" In file included from ../Core/Src/main.c:2: Z:/Users/Y/STM32CubeIDE/workspace_1.12.0/STM32DRV2605L/Core/drv2666/drv2605.h:33:10: fatal error: Arduino.h: No such file or directory 33 | #include <Arduino.h> | ^~~~~~~~~~~ compilation terminated. make: *** [Core/Src/subdir.mk:34: Core/Src/main.o] Error 1 "make -j12 all" terminated with exit code 2. Build might be incomplete. 23:11:37 Build Failed. 2 errors, 0 warnings. (took 304ms) 这个错误怎么解决
这个错误是由于在你的 `main.c` 文件中的第二行包含了一个名为 `Arduino.h` 的头文件,但是编译器无法找到该文件导致的。
`Arduino.h` 是针对Arduino开发板的库文件,它与STM32CubeIDE和STM32G030F6P6微控制器不兼容。因此,在你的STM32项目中,不应该包含`Arduino.h`头文件。
要解决这个错误,你需要检查你的代码并删除或注释掉 `#include <Arduino.h>` 这一行。然后重新编译你的项目,这个错误就会被解决。
另外,确保你的项目中只包含与STM32G030F6P6和DRV2605L相关的头文件,并根据硬件和库的要求进行正确的配置和初始化。
希望能帮助到你!如果还有其他问题,请随时提问。