### Error updating database. Cause: org.springframework.jdbc.CannotGetJdbcConnectionException: Failed to obtain JDBC Connection; nested exception is com.mysql.cj.jdbc.exceptions.CommunicationsException: Communications link failure

这看起来是一个数据库连接错误。可能的原因包括：

1. 数据库服务器已关闭或无法访问。
2. 数据库配置信息不正确。
3. 数据库连接池配置有误。
4. 数据库用户权限不足。

您可以尝试以下方法来解决这个问题：

1. 确保数据库服务器正在运行，并且您可以从应用程序服务器上的终端或命令行连接到它。
2. 检查应用程序的数据库配置是否正确，包括数据库地址、端口、用户名和密码等信息。
3. 检查应用程序的数据库连接池配置是否正确，包括最大连接数、最小连接数、空闲连接超时等参数。
4. 确保数据库用户具有足够的权限来执行应用程序需要的操作。

如果您仍然无法解决问题，请参考应用程序的日志文件和数据库服务器的日志文件以获取更多信息。