#绘制圈图 pdf(file="circos.pdf", width=7, height=7) par(mar=c(2,2,2,4),cex=0.7) circos.par(gap.degree=c(3,rep(2, nrow(cor1)-1)), start.degree = 180) chordDiagram(cor1, grid.col=rainbow(ncol(rt)), col=col1, transparency = 0.5, symmetric = T) par(xpd=T) #绘制图例 colorlegend(col, vertical = T,labels=c(1,0,-1),xlim=c(1.1,1.3),ylim=c(-0.4,0.4))

这是一段 R 语言的代码，用于绘制圆形关系图，其中使用了 circos 包和 chordDiagram 函数。同时，还包括了绘制图例的代码 colorlegend。这段代码的作用是将一个相关性矩阵 cor1 转化为圆形关系图，其中每个变量对应圆周上的一个扇形区域，扇形区域之间的连线代表两个变量之间的相关性。图例中的标记表示相关性的取值。

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解释一下“par(mar=c(2,2,2,4)) circos.par(gap.degree=c(3,rep(2, nrow(cor1)-1)), start.degree = 180) chordDiagram(cor1, grid.col=rainbow(ncol(rt)), col=col1, transparency = 0.5, symmetric = T) par(xpd=T)”

这段代码主要用于绘制一个基于圆环的相关系数矩阵可视化图，主要包含以下几个步骤：

1. `par(mar=c(2,2,2,4))` 设置绘图的边缘空白区域大小，其中 mar 代表边缘空白区域大小（上下左右），这里分别设置为 2, 2, 2, 4。

2. `circos.par(gap.degree=c(3,rep(2, nrow(cor1)-1)), start.degree = 180)` 设定 circos 图的参数，其中 `gap.degree` 定义了每个扇形之间的间隔大小，第一个元素为扇形与画布环之间的距离，后面的元素表示每个扇形之间的距离，这里分别设置为 3 和 2，共有 nrow(cor1)-1 个扇形；`start.degree` 定义了起始角度，这里设置为 180 度。

3. `chordDiagram(cor1, grid.col=rainbow(ncol(rt)), col=col1, transparency = 0.5, symmetric = T)` 核心函数 `chordDiagram` 用于绘制基于圆环的相关系数矩阵可视化图。其中 `cor1` 表示相关系数矩阵；`grid.col=rainbow(ncol(rt))` 表示象征性地为每一列设置不同的颜色，这里使用了彩虹色；`col=col1` 表示用颜色矩阵 `col1` 对相关系数矩阵中的元素进行着色；`transparency = 0.5` 表示设置透明度为 0.5；`symmetric = T` 表示相关系数矩阵是对称的。

4. `par(xpd=T)` 用于在绘制完 circos 图后，将画布扩展到绘图边缘空白区域，以防止绘图被边缘空白区域截断。

R语言circos.heatmap（）函数

R语言中的circos.heatmap()函数是在circos包中提供的一个用于绘制热图的函数。该函数可以绘制基于矩阵数据的热图，并以环形布局展示。

要使用circos.heatmap()函数，首先需要安装和加载circos包。可以使用以下命令安装circos包：

install.packages("circlize")

安装完成后，可以使用以下命令加载circos包：

library(circlize)

然后，可以使用circos.heatmap()函数来绘制热图。该函数的基本语法如下：

circos.heatmap(mat, col = heat.colors, order = NULL, control = heatmap.control())

其中，参数mat是一个矩阵或数据框，包含要绘制的数据。col参数用于指定颜色映射方案，默认为heat.colors。order参数用于指定矩阵行的顺序，默认为NULL，表示按照原始顺序。control参数用于设置其他绘图控制参数。

例如，以下是一个使用circos.heatmap()函数绘制热图的示例：

# 创建示例数据
mat <- matrix(rnorm(100), nrow = 10)

# 绘制热图
circos.heatmap(mat)

执行以上代码，将会使用circos包绘制一个基于示例数据的热图。你可以根据自己的数据和需求调整参数来定制绘图结果。